Dominant la Parte Vieja, cette église remarquable est considérée comme le plus ancien bâtiment de Saint-Sébastien. Ses origines remontent au XIIe siècle, mais elle a été reconstruite dans sa forme gothique actuelle au début des années 1500. Son intérieur abrite un très beau retable roman, œuvre d'Ambrosio de Bengoechea et de Juan de Iriarte. L'orgue français de 1868 de Cavaille-Coll et d'impressionnants vitraux partagent la vedette. Sur un côté de la façade se trouve la sculpture de la "Pietà" de l'artiste Jorge Oteiza. Les personnes baptisées à San Vicente sont appelées "koxkeros" en raison des pierres qui dépassent de l'église (koxka en basque).