L'église de S. Stefano est située à Garlate, un joli village médiéval qui surplombe une branche du lac Lecco. L'édifice, que l'on peut voir aujourd'hui dans sa position surélevée, témoigne des vicissitudes d'une histoire longue et tourmentée, avec les structures romanes qui subsistent, les chapelles baroques et les reconstructions du XIXe siècle, mais seules les fouilles effectuées sous le sol de l'église actuelle ont permis de connaître un passé beaucoup plus ancien qui, auparavant, ne pouvait être qu'hypothétique. En effet, de nombreux indices, tels que la découverte au XIXe siècle de quelques reliquaires de l'Antiquité tardive sous l'autel et la présence d'éléments architecturaux erratiques, pouvant également se référer à un édifice de l'époque paléochrétienne, suggéraient l'ancienneté du culte chrétien en ce lieu, même s'il n'y avait aucune certitude que l'église Saint-Étienne devait être considérée comme l'héritière de cette longue histoire. En effet, jusqu'à la fin du XVIe siècle, deux autres églises se trouvaient à proximité de l'édifice actuel, la collégiale de S. Agnese et l'oratoire de S. Vincenzo, tous deux jugés irrécupérables en raison de leur âge et condamnés à la démolition par le cardinal Carlo Borromeo, qui effectua une visite pastorale dans la région en 1565. C'est à cette occasion que les anciens reliquaires, dont un précieux reliquaire en argent repoussé datant du IVe siècle, ont été retirés de l'autel de l'église de Sainte-Agnès et transférés dans l'église paroissiale de Saint-Étienne, qui est désormais le seul édifice religieux restant dans le village.
