Este museo único está dedicado a los 6.000 años de historia del pan como base indispensable de la cultura y la civilización humanas. Debe su creación y crecimiento al compromiso personal durante décadas de Willy Eiselen (1896-1981) y su hijo Hermann Eiselen (nacido en 1926). Ambos se dedicaban a la fabricación y venta de ingredientes de panadería y se contaban entre los principales proveedores del sector de la panadería.
Los dos empresarios fundaron el museo como Museo Alemán del Pan en 1955 como asociación. La primera exposición permanente data de 1960. Fue el primero y durante muchos años el único museo de este tipo en el mundo. Era una institución estrictamente privada financiada por los fundadores. En 1991, la Fundación Eiselen, una institución benéfica independiente, se hizo cargo de la financiación del museo; al mismo tiempo, el museo se trasladó a la Salzstadel, un almacén histórico en el centro de Ulm.
Aquí el museo floreció, y en 2004 dio la bienvenida a su visitante número un millón.