Seine Ursprünge sind noch ungewiss, aber um 1155 existierte es bereits, als die Grafen von Albon die strategische, militärische und handelspolitische Kontrolle über die Montgenèvre-Straße ausübten und Exilles die äußerste Ostgrenze des Fürstentums darstellte.
Im Jahr 1339 wies sie bereits eine komplexe Struktur auf: Sie ist ein seltenes Beispiel für eine "Straßenburg" mit einer Verteidigungsanlage, die aus mehreren ummauerten Kreisen bestand, die den inneren Kern und eine äußere Barriere verteidigten und die wichtige Straßenachse, die vom Piemont über Montgenèvre in die Provence führte, wirksam kontrollierten.
Im 16. Jahrhundert war die Burg lange Zeit umkämpft von den gegnerischen katholischen und reformierten Fraktionen, die die Dauphiné auf dieser Seite der Alpen kontrollieren wollten. Zu Beginn des 17. Jahrhunderts wurde die Festung von einer alten Burg zu einer Bastion umgewandelt, in der sich zwischen 1681 und 1687 die geheimnisvolle und berühmte Figur der "Eisernen Maske" aufhielt.
Zu Beginn des 18. Jahrhunderts wurde die Festung von Exilles unter der Leitung von Bertola und De Willencourt umfassend renoviert und modernisiert, wobei auch die Verteidigungsfront in Richtung Frankreich umgekehrt wurde. Mit dem Vertrag von Utrecht im Jahr 1713 ging die Königswürde vom französischen König auf das Haus Savoyen über, so dass die Verteidigungsfront umgestaltet werden musste.
Die Festung wurde nach dem Pariser Vertrag vom 15. Mai 1796 von den Franzosen dem Erdboden gleichgemacht und in ihrer heutigen Form zwischen 1818 und 1829 vom König von Sardinien wiederaufgebaut, der die Gebiete wieder in Besitz nahm.
Vittorio Emanuele I. beauftragte die Architekten Giovanni Antonio Rana und Francesco Olivero mit dem Wiederaufbau, der zwischen 1821 und 1829 abgeschlossen wurde.
Das Fort wurde 1915 entwaffnet und verlor am 8. September 1943 jegliche militärische Funktion, als es endgültig vom Militär aufgegeben wurde.
Im Jahr 1978 erwarb die Region Piemont das Grundstück aus dem Besitz des Militärstaats mit der Verpflichtung, für die Restaurierung und Wiederherstellung der Funktion des Denkmals zu sorgen. Daraufhin wurde ein konservatives Restaurierungsprojekt entwickelt und in Angriff genommen, das sowohl im Inneren als auch im Äußeren des Forts eine Gesamtgestaltung zum Ziel hatte.
Im April 1996 wurde eine Vereinbarung zwischen der Region Piemont und dem Nationalen Bergmuseum CAI-Turin über die gemeinsame Aufwertung, Verwaltung und Förderung des Forts von Exilles unterzeichnet. Im Juni 2015 wurde eine Kooperationsvereinbarung zwischen der Region Piemont und der Gemeinde Exilles über die Verwaltung der Festung während der Sommersaison 2015 unterzeichnet. Die Festung von Exilles wurde am 8. Juli 2000 der Öffentlichkeit zugänglich gemacht; im Inneren können zwei Museumsbereiche besichtigt werden, die sich durch eine besonders innovative Gestaltung auszeichnen.
