Fornleifasafnið í Mykonos var reist árið 1902. Safnið var fyrst og fremst sett upp til að varðveita leifar sem fundust úr hreinsunargryfjunni sem er frá 426-425 f.Kr. Þessi gryfja var grafin upp árið 1898 af hinum fræga fræðimanni D. Stavropoulos frá hinum fagra hólma Rheneia. Glæsilegur byggingarlistarþáttur safnsins var hannaður af hinum virta arkitekt, Alexandros Lykakis. Hugmyndin um byggingu hússins sem hýsir safnið var fædd af menntamálaráðuneytinu í samvinnu við Fornleifafélag Aþenu.Safn vasa sem tilheyra helleníska tímabilinu er einnig athyglisvert fyrir nærveru þeirra. Eitt helsta aðdráttaraflið safnsins er frekar listrænt smíðað pító sem sýnir vel tjöldin frá handtöku Tróju. Þessi merkilegi pithos var grafinn upp árið 1961 á meðan grafarar voru að grafa brunn í Mykonos.Pithos sýna á listrænan hátt fall trójuhersins frá hinum mikilvæga Wooden Horse. Líkami pítósins er umlukinn spjöldum sem sýna hermenn sem eru að fara í sókn gegn saklausum konum og börnum. Fræðimenn telja að pithos sé frá 7. öld f.Kr. Það er líka stórfellda fornaldaramfóran sem er áberandi með flóknum hönnuðum skreytingum. Sérstaklega mikilvæg er stytta með sfinx á hálsi og hesthaus á líkamanum.Grave stele of Glykon er líka áberandi af nærveru sinni sem fannst fyrir tilviljun í sjónum. Fórnarlambið sést sitja á klettunum, í ákafa og ígrunduðu skapi stara tómum augum í áttina að stefni skipsins. Á stallinum er áletrun með þessum orðum Glykon, sonur Protogenis, dyggðugur, farðu vel með þig. Þessi grafhýsi er eitt af ómetanlegum söfnum safnsins.Burtséð frá Glykon's Grave stele, er einnig Grave stele Tertia Horaria. Hin látna kona sést sitja og rétta skilnaðarhönd sína til eiginmanns síns sem er rétt fyrir framan. Þar er líka mynd af þrælsbarni með skartgripagáminn af látinni konu sinni. Þessi grafhýsi var staðsett ofan á marmarasarkófagi með áletruninni Tertia Horaria á henni í hinum virta helleníska kirkjugarði í Rheneia. Það er talið tilheyra 2. öld f.Kr.Þar er líka styttan af Heraklesi frá Rheneia. Þessi ómetanlega stytta fannst árið 1899 í öruggu himni Heraklesar. Hugrakki maðurinn er sýndur nakinn og heldur á kylfu og ljónaskinni í vinstri hendi. Þessi stórkostlega stytta er gerð úr besta úrvali Parian marmara og er talin tilheyra 2. öld. Hin ómissandi Cycladic steikarpönnu með flóknum skraut sem felur í sér kynfæri kvenna á neðri hlutanum var grafin upp úr Mykonos gröf og er talin tilheyra snemma Cycladic tímum.Einn af þekktustu gripum safnsins er Archaic Hydria sem er skreytt með flóknu hönnuðu blómamynstri og myndum af hestum. Það er aðeins einn af mörgum vösum sem voru grafnir upp úr hreinsunargryfjunni. Hin stórkostlega rauða mynd er líka þess virði að skoða og er áberandi af vexti fljúgandi Nike. Dádýr sést hlaupa í átt að vinstri hliðinni.Forngrísk siðmenning var þekkt fyrir að nota leir til að móta listrænar persónur. Fornminjasafnið í Mykonos hefur til sýnis frábæra leirfígúru af fallegri konu sem er sýnd með hefðbundnum kítón og himation. Þessi sjaldgæfa leirfígúra fannst í Rheneia og er frá 2. öld. Einnig áberandi af nærveru hennar er styttan af látnum manni í hefðbundnum kjól. Líkt og leirfígúran af fallegu konunni var þessi stytta af hinum látna líka grafin upp úr stað Helleníska Rheneia.