Ses origines sont encore incertaines, mais vers 1155, elle existait déjà lorsque les comtes d'Albon exerçaient un contrôle stratégique, militaire et mercantile sur la route du Montgenèvre, et qu'Exilles représentait la frontière extrême orientale de la principauté. En 1339, il avait déjà une structure complexe : c'est un exemple rare de "château routier", avec une construction défensive articulée en plusieurs circuits fortifiés défendant le noyau interne et une barrière externe, contrôlant efficacement l'important axe routier qui menait du Piémont à la Provence via Montgenèvre. Au XVIe siècle, le château a été longtemps disputé par les factions catholiques et réformées qui voulaient contrôler le Dauphiné de ce côté des Alpes. Au début du XVIIe siècle, le fort est passé d'un ancien château à une forteresse bastionnée, où le mystérieux et célèbre personnage connu sous le nom de "Masque de fer" a séjourné entre 1681 et 1687. Au début du XVIIIe siècle, la forteresse d'Exilles, sous la direction de Bertola et de De Willencourt, subit d'importants travaux de rénovation et de modernisation, notamment le renversement du front défensif vers la France. Le traité d'Utrecht de 1713 transfère la dignité royale du roi de France à la Maison de Savoie, ce qui rend nécessaire le renversement du front défensif. Rasé par les Français à la suite du traité de Paris du 15 mai 1796, le fort a été reconstruit dans sa forme actuelle entre 1818 et 1829 par le roi de Sardaigne, qui a repris possession de ses territoires. Vittorio Emanuele Ier a confié sa reconstruction aux architectes Giovanni Antonio Rana et Francesco Olivero, qui ont achevé la structure entre 1821 et 1829. Le fort a été désarmé en 1915 et a perdu toute fonction militaire le 8 septembre 1943, date à laquelle il a été définitivement abandonné par les militaires. En 1978, la Région Piémont a acquis la propriété de l'État militaire, avec l'engagement de pourvoir à la restauration et à la récupération fonctionnelle du monument. Un projet de restauration conservatrice a alors été élaboré et lancé, tant à l'intérieur qu'à l'extérieur, dans le but de définir un aménagement global du Fort. En avril 1996, une convention a été signée entre la Région Piémont et le Musée National de la Montagne CAI-Turin pour la mise en valeur, la gestion et la promotion conjointes du Fort d'Exilles. En juin 2015, un accord de coopération a été signé entre la Région Piémont et la municipalité d'Exilles pour la gestion de la Forteresse pendant la saison estivale 2015. La forteresse d'Exilles a été ouverte au public le 8 juillet 2000 ; deux espaces muséographiques, caractérisés par des aménagements particulièrement innovants, peuvent être visités à l'intérieur.