Le Fort Saint-Jean est une fortification de Marseille, construite en 1660 par Louis XIV à l'entrée du Vieux-Port de Marseille. Le site du Fort Saint-Jean est occupé depuis l'Antiquité mais ce n'est qu'au XIIIe siècle que les Chevaliers de Saint-Jean (plus tard Chevaliers de Malte) s'y installent et donnent leur nom au quartier. Quelques vestiges subsistent. L'énorme tour carrée a été construite sur les fondations de la tour Maubert pour défendre l'entrée du port après le sac des Aragonais (1423) par le Roy René. La tour balise fut construite en 1644 et le chevalier de Clerville construisit le fort sur ordre de Louis XIV dans ses grands projets pour Marseille. Il fait creuser une trouée inondable pour isoler le fort de la ville. Il sert de garnison puis de prison pendant la Révolution française. Pendant la Seconde Guerre mondiale, il fut utilisé pour stocker les munitions de l'armée allemande qui explosèrent en 1944, causant d'importants dégâts au fort et au pont Transporteur. Le fort a été classé Monument historique en 1964 et inclus dans le MuCEM en 2013.