La prima fortificazione in questo sito fu una torre a base quadrangolare, costruita tra il 1583 e il 1585 dall'architetto fiorentino Camillo Camillani su ordine di Marcantonio II Colonna il Giovane, viceré di Sicilia, come parte di un piano di difesa della costa siciliana. La costruzione dell'attuale forte fu iniziata nel 1615 da Hernando Petigno, comandante generale della Reale Cavalleria di Sicilia e governatore militare di Siracusa. La torre più vecchia fu incorporata nel nuovo forte. La costruzione fu interrotta fino al 1636 quando i lavori ripresero sotto la direzione di Serpione Cottone, marchese d'Altamura. Il forte fu completato e inaugurato nel 1640 ed è un raro esempio di fortezza barocca di cui parecchi sorsero in Sicilia nel XVII secolo. Forte Sant'Angelo non fu mai attaccato e fu smilitarizzato nel XIX secolo quando fu usato come sede di un telegrafo governativo dal 1849 al 1856. All'inizio del 1900 il forte fu presidiato dall'aeronautica militare e il forte divenne un faro. La mattina del 10 luglio 1943, il cosiddetto D Day dello sbarco anglo-americano in Sicilia, Forte Sant'Angelo fu bombardato dall'incrociatore leggero americano USS Brooklyn e dal cacciatorpediniere USS Buck. Questo causò molti danni che furono tutti riparati in seguito. Nel 1965, il funzionamento del faro fu cancellato e il forte fu abbandonato.
