Pierwszą fortyfikacją w tym miejscu była wieża z czworoboczną podstawą, zbudowana w latach 1583-1585 przez florenckiego architekta Camillo Camillaniego na rozkaz Marcantonio II Colonny młodszego, wicekróla Sycylii, jako część planu obrony wybrzeża Sycylii. Budowę obecnego Fortu rozpoczął w 1615 roku Hernando Petigno, dowódca Królewskiej Kawalerii Sycylii i wojskowy Gubernator Syrakuz. Starsza wieża została włączona do nowego Fortu. Budowa została przerwana do 1636 roku, kiedy wznowiono prace pod kierunkiem Serpione Cottone, markiza d ' Altamura. Fort został ukończony i otwarty w 1640 roku i jest rzadkim przykładem barokowej twierdzy, której kilka powstało na Sycylii w XVII wieku. Fort Sant ' Angelo nigdy nie został zaatakowany i został zdemilitaryzowany w XIX wieku, kiedy był używany jako miejsce dla telegrafu rządowego od 1849 do 1856 roku. Na początku 1900 roku fort został obsadzony przez Siły Powietrzne i fort stał się latarnią morską. Rankiem 10 lipca 1943 roku, w tzw. dniu D Dla ANGLO-amerykańskiego lądowania na Sycylii, Fort Sant ' Angelo został zbombardowany przez amerykański krążownik lekki USS Brooklyn i niszczyciel USS Buck. Spowodowało to wiele uszkodzeń, które zostały później naprawione. W 1965 roku eksploatacja latarni została anulowana, a fort został opuszczony.
