Benteng pertama di laman web ini adalah menara dengan pangkalan segi empat, yang dibina antara tahun 1583 dan 1585 oleh arkitek Florentine Camillo Camillani atas perintah Marcantonio II Colonna yang lebih muda, Viceroy of Sicily, sebagai sebahagian daripada rancangan pertahanan pantai Sisilia. Pembinaan kubu ini dimulakan pada tahun 1615 oleh Hernando Petigno, Jeneral panglima Berkuda Diraja Sicily dan gabenor tentera Syracuse. Menara yang lebih tua dimasukkan ke dalam kubu baru. Pembinaannya terganggu sehingga tahun 1636 ketika kerja-kerja disambung semula di bawah arahan Serpione Cottone, Marquess d'altamura. Kubu ini siap dibina dan dibuka pada tahun 1640 dan merupakan contoh kubu Barok yang jarang berlaku di Sicily pada abad ke-17. Benteng Sant'angelo tidak pernah diserang dan diniliterisasi pada abad ke-19 ketika ia digunakan sebagai lokasi untuk telegraf pemerintah dari tahun 1849 hingga 1856. Pada awal tahun 1900-an kubu ini dikawal oleh tentera udara dan kubu itu menjadi rumah api. Pada pagi 10 Julai 1943 yang disebut Hari D untuk pendaratan Anglo-Amerika di Sicily, benteng Sant'angelo dihujani oleh kapal penjelajah ringan Amerika USS Brooklyn dan pemusnah USS Buck. Ini menyebabkan banyak kerosakan yang semuanya diperbaiki kemudian. Pada tahun 1965, operasi rumah api Dibatalkan dan kubu itu ditinggalkan.
