Dans Intramuros, "la ville fortifiée" abrite la forteresse du XVe siècle qu'est le Fort Santiago. C'est sans doute l'attraction historique la plus importante de la ville aujourd'hui. José Rizal y a été emprisonné et exécuté. Le fort a été nommé d'après Saint Jacques (Santiago en espagnol), le saint patron de l'Espagne, également connu sous le nom de Saint Jacques le tueur de musulmans en raison de la légende selon laquelle il serait miraculeusement apparu des centaines d'années après sa mort pour combattre dans la bataille de Clavijo, dont le relief orne la façade de la porte d'entrée. Il est situé à l'embouchure de la rivière Pasig et a servi de première forteresse de défense du gouvernement espagnol pendant son règne sur le pays. Il est devenu un fort principal pour le commerce des épices vers les Amériques et l'Europe pendant 333 ans. Le commerce des galions de Manille vers Acapulco, au Mexique, a commencé à partir de la Fuerte de Santiago. Le fort a un périmètre de 620 m et sa forme est presque triangulaire.
