Fraser Island upptogs på Unescos världsarvslista 1992 som ett erkännande av dess naturvärden.
Den officiella motiveringen hyllar öns "" och hänvisar till "över 250 km sandstränder med långa, oavbrutna havsstränder, med mer än 40 km slående färgade sandklippor, samt spektakulära sanddyner och surfstränder"; Höga regnskogar som växer på sand med låg näringshalt; högt belägna dynsjöar med både klara "vitvattens" sjöar och mörka "svartvattens" sjöar; banksiaskogar, hedar, mönstrade sumpskogar och skyddade mangroveområden i ett spektakulärt "mosaiklandskap"."
Fraser Island är ett globalt betydelsefullt exempel på geologiska processer och biologisk utveckling, bland annat: komplexa kustdynformationer som fortfarande utvecklas, en rad sjöar som är exceptionella när det gäller antal, mångfald, ålder och bevis på dynamiska och utvecklingsstadier, och enastående exempel på ekosystem som har utvecklats som svar på havsförhållanden och dåliga jordar i kustdynformationer.
Hela ön är en del av Great Sandy National Park (utom områden med fri egendom som t.ex. byar) och är skyddad enligt Nature Conservation Act 1992 och Recreation Areas Management Act 2006 till lågvattenlinjen.
