Die Ursprünge des Namens Gaeta sind noch immer von Legenden umwoben: Strabo gab an, dass der Name von dem Begriff "Caiatas" abstammt, mit dem die lakonischen Fischer den Ort bezeichneten und der sich eindeutig auf die weite Bucht des Golfs bezog; Diodorus Siculus brachte diese Gebiete mit dem Mythos der Argonauten in Verbindung, indem er den Namen der Stadt von "Aietes" ableitete, dem mythischen Vater von Medea (Tochter der Circe), der in Jason verliebten Zauberin. Vergil fand in der "Aeneis" (Aeneis, VII, 1-4) seinen Ursprung in dem Namen der Amme des Aeneas, "Cajeta", die der trojanische Held auf seiner Reise zur lettischen Küste an diesem Ort begraben hatte. Dante bestätigte, als wolle er die Historizität der Aeneis untermauern, das Ereignis (Inferno, XXVI, 92). Die ersten Siedlungen im Gebiet von Gaeta gehen auf das 8. Jahrhundert v. Chr. zurück, aber erst 345 v. Chr. geriet es unter den Einfluss Roms. Während der Römerzeit wurde Gaeta zu einem beliebten Urlaubsort, der von Kaisern, reichen römischen Patriziern, Konsuln und berühmten Senatoren der damaligen Zeit besucht wurde. Eine neue römische Straße, die Via Flacca, die kürzer ist als die Via Appia, wurde sogar gebaut, um ihre Ankunft zu begünstigen. Mit dem Niedergang des Weströmischen Reiches begann eine dunkle Zeit des Übergangs, die durch ständige Plünderungen zunächst durch barbarische Völker und dann durch die Sarazenen gekennzeichnet war. Gerade wegen ihrer charakteristischen Lage auf einer natürlichen, leicht zu verteidigenden Halbinsel wurde sie allmählich zu einem "Castrum": Gaeta wurde mit Mauern und an den Hängen des Monte Orlando befestigt; auf der Anhöhe des antiken mittelalterlichen Dorfes entstand die Burg von Gaeta, um die Stadt zu verteidigen, und die Bevölkerung der umliegenden Gebiete zog innerhalb der Mauern ein, um Gastfreundschaft, Zuflucht und Schutz zu finden. Die ersten Nachrichten über die Burg stammen aus dem 6. Jahrhundert n. Chr. während des Krieges gegen die Goten, im 10. Jahrhundert wird sie in den Codex-Urkunden erwähnt, aber sichere Nachrichten über ihre Existenz stammen aus dem 12. Jahrhundert, während der schwäbischen Herrschaft. Tatsächlich kam Friedrich II. von Schwaben mehrmals nach Gaeta und ließ während der Kämpfe zwischen Welfen und Ghibellinen Befestigungen errichten, um die Grenzen seines Reiches besser zu verteidigen: 1223 baute er die Burg von Gaeta (die also zu diesem Zeitpunkt bereits existierte). Mit der spanischen Herrschaft, die 1504 begann, wurde die Rolle der "Hochburg des Königreichs Neapel" noch stärker betont und die Stadt wurde mit brandneuen Festungsanlagen an den Hängen des Monte Orlando ausgestattet, die gegen die neuesten und stärksten Feuerwaffen aufgerüstet wurden.
Die Stadt, die früher zur antiken Provinz Terra di Lavoro in Kampanien gehörte, wurde in der Zeit des Faschismus nach Latium verlegt und in die neu gegründete Provinz Littoria (Latina) eingegliedert.
