Gereja ini merupakan hasil aneksasi dari beberapa struktur arsitektur: tangga ganda pada fasad menyembunyikan pintu masuk ke gereja yang mendasari gereja Penghiburan di Carbonara; portal pusat mengarah ke Kapel St.Ini adalah salah satu gereja terkaya di kota ini.Gereja yang indah ini dibangun berkat seorang bangsawan, Gualtiero Galeota, yang antara tahun 1339 dan 1343 menyumbangkan tanah di luar tembok kota yang disebut 'ad carbonetum' kepada Bapa-bapa Agustinian, yang memungkinkan mereka untuk mendirikan biara dan gereja (Via Carbonara masih disebut demikian karena pada Abad Pertengahan merupakan tempat pengumpulan sampah di luar tembok kota).Dengan kedatangan Raja Ladislaus dari Durazzo di Napoli, pembangunan kembali gereja dimulai, yang secara substansial mengasumsikan penampilannya yang sekarang kecuali untuk beberapa modifikasi dan penambahan pada abad-abad berikutnya. Pintu masuk yang penting memberikan gambaran tentang pentingnya gereja ini: pintu masuk ini diakses melalui tangga monumental yang dibangun pada abad ke-18 oleh Ferdinando Sanfelice, yang menciptakan tangga ganda untuk memecahkan masalah perbedaan ketinggian antara jalan dan berbagai pintu masuk ke berbagai bangunan yang membentuk struktur arsitektur yang kompleks.Seluruh kompleks ini mencakup dua bangunan ibadah lainnya, yaitu Gereja Santa Monica dan Gereja Penghiburan di Carbonara; ada juga gereja lain di dekatnya, yaitu Gereja Pietatella di Carbonara. Di dalam gereja monumental San Giovanni a Carbonara, yang dibangun di atas denah persegi panjang, berdiri mausoleum Raja Ladislaus, yang dibangun antara tahun 1414 dan 1428 dan dihiasi dengan figur-figur alegoris.Di belakang monumen tersebut terdapat Kapel Caracciolo del Sole, dengan monumen Sergianni Caracciolo, seorang siniscalco dan kekasih Ratu Giovanna. Kapel-kapel lainnya, seperti milik keluarga Miroballo, Somma, dan Caracciolo di Vico, kaya akan patung-patung dan monumen pemakaman yang penting. Dindingnya menampilkan lukisan dinding dari sekolah Giotto yang menggambarkan adegan kehidupan biara dan kelahiran Perawan. Di sebelah kanan presbiterium terdapat Kapel Caracciolo di Vico, sakristi, altar Madonna delle Grazie, dan monumen pemakaman Miroballo.Gereja ini juga memiliki enam belas karya Giorgio Vasari, yang dibuat untuk sakristi gereja. Lukisan-lukisan panel ini ditugaskan pada tahun 1545 oleh Ordo Agustinian, dan direalisasikan oleh Vasari pada tahun 1546, dengan kolaborasi Cristofano Gherardi, salah satu kolaboratornya yang paling berbakat. Lukisan-lukisan tersebut terdiri dari 16 lukisan di atas panel, yang menghiasi pintu-pintu lemari sakristi yang menggambarkan kisah-kisah dari Perjanjian Lama dan episode-episode dari Kehidupan Yohanes Pembaptis. Karya-karya indah ini telah mengalami restorasi yang ketat dan juga dipamerkan di Capodimonte.