Die venezianische Burg von Querini wurde 1413 von Giovanni Querini, einem venezianischen Beamten des Herzogtums Naxos, gegründet. Damals war die Insel durch die aufeinander folgenden Piratenüberfälle verwüstet worden. Die Burg wurde aus lokalen Eisenfelsen an der Stelle errichtet, an der einst die antike Akropolis der Insel stand, um das Dorf wiederzubeleben und sein Überleben gegen potenzielle Eindringlinge zu sichern. Die Architektur der Burg macht sie auch heute noch sehr beeindruckend. Sie hat nur einen Eingang an ihrer südwestlichen Seite, der nur ein niedriger gewölbter Durchgang ist. Die Umfassungsmauer der Burg stützte sich an mehreren Stellen auf verstärkte Hauswände. Diese hießen "xokastra" und bildeten einen Schutzring wie eine zweite Verteidigungslinie um sie herum. Einige sind heute noch vorhanden und werden renoviert. Die meisten Häuser im Inneren der Burg sind aufgrund eines Erdbebens, das die Insel 1956 erschütterte, eingestürzt. Ein Turm namens "Saray" steht immer noch hoch am südlichen Ende der Burg, und zwei Kirchen mit weiß getünchten Mauern ragen weiterhin inmitten der grauen Steinmauern heraus. Die erste Kirche in der Nähe des Eingangs, Panagia Castriani genannt, wurde 1853 erbaut und der Verkündigung an die Heilige Jungfrau Maria gewidmet. Für seinen Bau wurde Baumaterial aus den Häusern der Familie Querini verwendet. Weiter innen befindet sich die Kirche Agios Georgios, die 1790 erbaut wurde. Der offene Raum davor war früher der "platsa", nämlich der zentrale Platz, auf dem die Versammlungen der Stadt stattfanden.
