Sejarah Gua Neptunus sudah ada sejak zaman prasejarah. Berbagai jejak dari periode Neolitikum yang ditemukan di dalamnya menunjukkan bahwa sekitar 2.000.000 tahun telah berlalu sejak pembentukannya. Hampir dapat dipastikan bahwa manusia primitif telah mengenalnya dan menggunakannya sesuai dengan kebutuhan mereka.Gua Neptunus bukan hanya yang paling terkenal tetapi juga yang terbesar. Gua ini membentang sekitar 4 km, namun karena alasan keamanan, wisatawan hanya diperbolehkan masuk ke sebagian saja. Selain menjadi tujuan wisata yang penting dan menyambut pengunjung dari seluruh dunia, Gua Neptunus juga merupakan tujuan populer bagi para speleolog, yang merupakan satu-satunya orang yang dapat mengunjungi ceruk mereka yang paling rahasia.
