L'abbazia di Vallingegno si trova in cima a una collina a pochi chilometri da Gubbio, incastonata nella splendida natura della campagna umbra. Non si conosce la data esatta della sua fondazione, ma l'abbazia è citata nella "Legenda Sancti Verecundi" che risale al VII secolo e racconta del martirio di un giovane cavaliere che si convertì alla fede cristiana.
L'abbazia, nata forse come tempio del dio pagano Genio - da cui il nome latino Vallis Genii - fu occupata dai monaci benedettini per quasi quattro secoli, e rimase un centro fiorente fino al momento della sua soppressione, intorno al 1442.
Il complesso attuale è composto dalla chiesa, dal monastero e da un campanile in muratura.
L'interno della chiesa a navata unica conserva ancora tracce delle strutture precedenti, in particolare nella cripta a pianta quadrata che conserva alcuni capitelli di colonna scolpiti secondo stili anteriori all'XI secolo. Il soffitto a volta a crociera della cripta è rinforzato da un pilastro centrale. Molti episodi della vita di San Francesco sono legati all'abbazia. I biografi del santo raccontano, ad esempio, di come Francesco si rifugiò qui dopo essere stato attaccato nei pressi di Caprignone; il priore, però, non lo accolse bene, e il santo fu incaricato di umili mansioni domestiche. Anni dopo, il priore dell'abbazia tornò da Francesco per implorare il suo perdono;