Ustanovili so ga naseljenci iz Taranta in Turija okoli leta 434 pred našim štetjem, po vojni, v kateri sta si bila Taranto in Turij sovražnika. Mesto leži na vzpetini med rekama Agri in Sinni na ostankih mesta Siris, leta 374 pr. n. št. pa je bilo izbrano za prestolnico Italiotske lige namesto mesta Thurii, ki je padlo v roke Lučanov. Pozneje je na obali nastala mestna aglomeracija z imenom Siris, ki pa ima z antičnim Sirisom le onomastično, ne pa tudi topografsko kontinuiteto.Leta 280 pr. n. št. je bilo mesto prizorišče bitke pri Herakleji med Tarentumom in Rimom. Okoli leta 280 pr. n. št. so Rimljani mestu Herakleja ponudili posebno zavezniško pogodbo, s katero so ga uspeli iztrgati iz vpliva Tarenta in ga narediti za konfederalno mesto Rima.Iz tega obdobja so tudi Heraklejske plošče, ki so zdaj v Nacionalnem arheološkem muzeju v Neaplju in so bronaste plošče z grškimi besedili o javni in ustavni ureditvi mesta. Na hrbtni strani teh ploščic je v latinščini prepisan lex Iulia Municipalis.Ob koncu vojne med Rimljani in Tarantinci je Herakleja tako kot celotna Lukanija in Apulija padla pod rimsko oblast.Leta 212 pr. n. št. je mesto oblegal in osvojil Hanibal. Pozneje je ponovno postala cvetoče mesto, njene prebivalce pa je Ciceron v delu Pro Archia, apologiji pesnika Aula Licinija Archia, državljana Herakleje, opisal kot Nobiles Homines.Leta 89 pr. n. št. so Heraklidi z zakonom Plautia Papiria dobili rimsko državljanstvo. V republikanski dobi so Heraklejo pestili socialni nemiri, ki so dosegli vrhunec leta 72 pr. n. št. s Spartakovim pohodom. Prebivalci so se zatekli v zgornji del mesta. V cesarski dobi pa se je začel njen zaton. Tam sta živela pesnik Archia in veliki slikar Zeusisis, ki sta morda izvirala iz mesta.Ruševine si je zdaj mogoče ogledati skupaj z Narodnim muzejem Siritide v Policoru, v katerem je shranjena večina tam najdenih artefaktov. Od antičnega mesta v spodnjem delu je mogoče videti Atenin tempelj, od katerega so ostali temelji, in Demetrin tempelj. Na akropoli pa so ostanki mesta bolje ohranjeni in vidna je mestna ureditev, sestavljena iz pravokotnih uličnih osi. Na zahodu je lončarska četrt s hišami s pripadajočimi pečmi. Na jugu in zahodu so nekropole. Znane osebnosti tistega časa so svoje ime povezale s Heraklejo: Zevsis (5. stoletje pred našim štetjem), starogrški slikar. Pirh (318 pr. n. št. - Argos, 272 pr. n. št.), kralj Epira, je sodeloval v bitki pri Herakleji. Publij Valerij Levin (3. stoletje pr. n. št.), rimski konzul, sodeloval v bitki pri Herakleji.