Het Civic Aquarium is gehuisvest in een prachtig liberty Building dat, met zijn Friezen en zijn majolica vertelt de inhoud buiten. Het paviljoen werd in 1906 opgericht als onderdeel van de Internationale Tentoonstelling van Milaan en is het enige paviljoen dat in het Sempione Park is gebouwd en dat niet is ontmanteld na afloop van het evenement. Het is het op twee na oudste aquarium van Europa. Het is gelegen naast de burgerlijke Arena en aan de rand van het Sempione Park, waarvan de elliptische architectuur reproduceert.
De huidige inrichting van het gebouw en de baden is het resultaat van de renovatie (2003-2006) die het Instituut in zijn nieuwe vorm aan bezoekers en burgers heeft teruggegeven.
