Det største og mest interessante museum i Rio de Janeiro er viet til Brasiliens menneskelige historie, der går helt tilbage fra præcolumbiansk tid og frem til det 19. århundrede. Udstillingerne omfatter malerier, skulpturer, fotografier, kort og våben samt andre historiske artefakter. Gallerier, der er dedikeret til Brasiliens oprindelige stammer, illustrerer deres måde at leve på. Den koloniale, kejserlige og republikanske æra er også godt repræsenteret. Besøgende kan se en kopi af de forhistoriske klippemalerier fra Serra da Capivara i den nordøstlige del af Brasilien, som hævdes at være den ældste registrering af menneskelig tilstedeværelse i Sydamerika.
