Die Ursprünge des Klosters Kostomarovsky Spassky sind nicht genau bekannt, aber man nimmt an, dass es im 17. Jahrhundert von Mönchen aus der Ukraine, die sich hier zusammen mit Kosaken niederließen, als Kloster gegründet wurde. Es ist jedoch möglich, dass das Kloster tatsächlich viel älter ist, und es gibt sogar eine Theorie, dass es aus der Zeit stammt, als das Christentum in Russland eingeführt wurde.
Die erste schriftliche Erwähnung des Klosters stammt vom Ende des 18. Jahrhunderts, als es als eine Skete des Belogorsky Voskresensky Klosters erwähnt wird. Nach der Revolution wurde das Kloster geschlossen, obwohl einige Mönche heimlich hier blieben. Einer dieser Mönche war der ältere Pjotr, der, als er in den späten 1930er Jahren entdeckt wurde, inhaftiert wurde und später im Gefängnis gestorben sein soll. Während des Zweiten Weltkriegs lag das ehemalige Kloster im besetzten Gebiet, und einige Einheimische sollen sich in den Höhlen versteckt haben. Nach dem Krieg durfte die Erlöserkathedrale kurzzeitig wieder geöffnet werden, wurde aber 1959 aufgrund der religionsfeindlichen Politik Chruschtschows erneut geschlossen. Im Jahr 1997 wurde das Gelände an die orthodoxe Kirche zurückgegeben und wiedereröffnet, allerdings als Konvent und nicht als Kloster.
