Hongkongské muzeum historie bylo založeno v červenci 1975, kdy bylo Městské muzeum a Galerie umění rozděleno do hongkongského muzea historie a hongkongského Muzea umění. Některé sbírky muzea však pocházejí z Městského muzea a umělecké galerie založené v roce 1962 na radnici. V roce 1983 bylo muzeum přesunuto do dočasného ubytování v parku Kowloon. V roce 1998 byl přesunut do svých současných prostor na Chatham Road South, Tsim Sha Tsui. Stálý domov hongkongského muzea historie s hrubou podlahovou plochou 17 500 m2 je umístěn v nové budově založené na architektonickém konceptu pana e.Vernera Johnsona. Nové muzeum a sousední Vědecké muzeum společně tvoří muzejní komplex harmonického vzhledu a barevného schématu.
