Honkongas vēstures muzejs tika izveidots 1975. gada jūlijā, kad Pilsētas muzejs un Mākslas galerija tika sadalīta Honkongas vēstures muzejā un Honkongas Mākslas Muzejā. Bet daži no muzeja kolekcijām ir datēti ar pilsētas muzeju un mākslas galeriju, kas dibināta 1962. gadā Rātsnamā. 1983. gadā muzejs tika pārvietots uz pagaidu izmitināšanu Kowloon parkā. Tas tika pārvietots uz tās pašreizējām telpām Chatham Road South, Tsim Sha Tsui 1998.gadā. Honkongas vēstures muzeja pastāvīgā mājvieta, kuras bruto grīdas platība ir 17 500 m2, ir izvietota jaunā ēkā, kuras pamatā ir E. Vernera Džonsona arhitektūras koncepcija. Jaunais muzejs un blakus esošais Zinātnes muzejs kopā veido muzeja kompleksu ar harmonisku izskatu un krāsu shēmu.
