Honkongo istorijos muziejus buvo įkurtas 1975 m. liepos mėn., kai miesto muziejus ir meno galerija buvo padalinti į Honkongo istorijos muziejų ir Honkongo meno muziejų. Tačiau kai kurios muziejaus kolekcijos grįžta į miesto muziejų ir meno galeriją, įkurtą 1962 m.Rotušėje. 1983 m. muziejus buvo perkeltas į laikiną apgyvendinimą Kowloon parke. Jis buvo perkeltas į savo dabartines patalpas Chatham Road South, Tsim Sha Tsui 1998 metais. Nuolatinis Honkongo istorijos muziejaus namas, kurio bendras grindų plotas yra 17 500 m2, yra įsikūręs naujame pastate, remiantis P.E. Vernerio Johnsono architektūrine koncepcija. Naujasis muziejus ir kaimyninis mokslo muziejus kartu sudaro darnios išvaizdos ir spalvų schemos muziejų kompleksą.
