Hrobky boli z interiéru bývalého Kostola svätého Františka, ktorý je dnes monumentálnou ruinou bez strechy, premiestnené do podstavca a v roku 1659 tam boli opäť uložené. V dnešnej podobe je však portikus výsledkom neogotickej prestavby, ktorú v roku 1850 dokončil inžinier Filippo Bandini. Hrobka Paoly Biancy Malatestiovej, prvej manželky Pandolfa III. je zdobená soškami, korbáčmi, visutými oblúkmi a točitými stĺpmi korunujúcimi obraz zosnulej, ležiaci na veku prepracovaného sarkofágu. Ide o autentické majstrovské dielo neskorogotického sochárstva benátskeho pôvodu, ktorého autorom je maestro Filippo di Domenico. Skromnejšia je hrobka Bonetta da Castelfranco, ktorú dal postaviť Sigismondo Malatesti na uloženie pozostatkov svojho verného lekára. Na opačnej strane portálu sa nachádza renesančná hrobka Pandolfa III Malatestiho, ktorú dal vyhotoviť jeho syn Sigismondo, ktorý s najväčšou pravdepodobnosťou zveril návrh Leónu Battistovi Albertimu. Počas nedávnych reštaurátorských prác na celom monumentálnom komplexe sa nečakane našlo mumifikované telo Pandolfa III.
