Otra parada a realizar, también en la zona central de la ciudad, es la Iglesia de San Giovanni a Mare, también conocida como la Iglesia de San Giuseppe. Es una auténtica joya escondida en el corazón de Gaeta. Erigida sobre un antiguo emplazamiento sagrado cristiano destruido por el terremoto de 1213, la iglesia se construyó con algunos elementos desnudos, como las columnas, todas desiguales entre sí, mientras que entre los siglos XV y XVII se enriqueció con frescos y decoraciones barrocas que se eliminaron tras la restauración de 1928. El lugar de culto consta de tres naves sostenidas por material pétreo romano y medieval. La iglesia, de estilo bizantino con planta de cruz latina, tiene una cúpula en el centro decorada desde el exterior con motivos arabescos que data del siglo XI. El altar es considerablemente más alto que el suelo de la asamblea y el suelo está especialmente inclinado para garantizar una mayor perspectiva al lugar de culto: por eso es evocador recordar la tradición popular que veía cómo el agua del mar entraba en la iglesia y se escurría fácilmente gracias al suelo inclinado: sin embargo, hay que tener en cuenta que desde el siglo XVI, a pocos metros delante de la fachada de la iglesia corrían las murallas que rodeaban toda la ciudad.
Las obras de restauración de 1928, promovidas por el ministro Pietro Fedele y realizadas bajo la dirección de Gino Chierici, permitieron eliminar el mobiliario postmedieval, sacando a la luz los restos de los frescos de principios del siglo XIV atribuidos a la escuela de Cavallini (algunas de las pinturas se han desprendido y se exponen en el Museo Diocesano, Visitación, Santa Águeda, Virgen con el Niño entronizado y San Lorenzo). En la época barroca había varios altares en la iglesia, en su mayoría de estuco, dedicados a San Sebastián y San Roque, San Cosme y San Damián, San Rosario, San Gaetano y San José. Este último altar fue patrocinado por la Hermandad de Carpinteros (1628), de ahí el segundo nombre de la iglesia. A principios del siglo XVIII, la fachada adquirió su aspecto actual, con sencillas volutas laterales y una espadaña. A finales del siglo XIX, la iglesia se equipó con un pequeño órgano de la escuela napolitana, que permaneció in situ al menos hasta la década de 1960.
Durante las obras de restauración de 1928, el altar mayor fue trasladado a la iglesia de S. Maria della Catena y sustituido por el actual, realizado reutilizando una losa de un sarcófago romano con hipogrifos que ya había sido reformado en el siglo XV. Durante las obras se encontraron varios fragmentos decorativos medievales y una urna cineraria, que ahora están empotrados en los muros laterales. Quedan restos del suelo de mármol original de la iglesia en uno de los escalones frente al altar.