La iglesia de San Nicolás es la más antigua de Berlín. La zona que la rodea se conoce como el "barrio de Nicolás", y es una zona de edificios medievales restaurados. La iglesia se construyó entre 1220 y 1230, por lo que es, junto con la iglesia de Nuestra Señora en Alexanderplatz, no muy lejos, la más antigua de Berlín.
Originalmente una iglesia católica romana, la iglesia de San Nicolás se convirtió en una iglesia luterana después de la Reforma Protestante en el Electorado de Brandenburgo en 1539. En el siglo XVII, el destacado compositor de himnos Paul Gerhardt era el ministro de esta iglesia, y el compositor Johann Crueger era el director musical. El destacado teólogo luterano Provost Philipp Jacob Spener fue el ministro desde 1691 hasta 1705. De 1913 a 1923, el ministro de la iglesia de San Nicolás fue Wilhelm Wessel, cuyo hijo Horst Wessel se hizo más tarde famoso como nazi: la familia vivía en la cercana Jüdenstraße.
El día de la Reforma de 1938, el edificio de la iglesia sirvió a sus fieles por última vez. A continuación, el edificio, el más antiguo de Berlín, fue cedido al gobierno para que lo utilizara como sala de conciertos y museo eclesiástico. El número de feligreses había disminuido debido a la creciente comercialización del centro de la ciudad, donde los locales residenciales fueron sustituidos por oficinas y tiendas. La congregación se fusionó posteriormente con la de la Iglesia de Nuestra Señora.
Durante la Segunda Guerra Mundial, la iglesia de San Nicolás perdió por el fuego la parte superior de sus torres y el tejado como consecuencia de los bombardeos aliados. En 1949 se derrumbaron todas las bóvedas y los pilares del norte. Las ruinas quedaron en Berlín Oriental, y no fue hasta 1981 que las autoridades de la República Democrática de Alemania Oriental autorizaron la reconstrucción de la iglesia, utilizando los antiguos diseños y planos. La iglesia de San Nicolás, tal como se ve hoy, es en gran parte una reconstrucción. En la actualidad, la iglesia vuelve a funcionar principalmente como museo y, ocasionalmente, como sala de conciertos, administrada por la Stiftung Stadtmuseum Berlin (Landesmuseum für Kultur und Geschichte Berlins). Es famosa por su acústica y la iglesia reconstruida ha sido equipada con un buen conjunto de 41 campanas.
