La Franziskaner-Klosterkirche fue fundada en 1250 en estilo gótico temprano como iglesia de un monasterio para una casa franciscana. Era una iglesia de piedra de campo, de 52 metros de largo y 16 de ancho. Sus restos se encuentran en el muro norte de las ruinas actuales. Fue sustituida por una iglesia basilical de tres naves, iniciada a finales del siglo XIII y terminada en la primera mitad del siglo XIV, cuyas ruinas aún se conservan. En 1365 se enterró allí a Luis II, príncipe elector de Brandeburgo. Alrededor de 1500 fue renovada.
El monasterio se cerró debido a la llegada de la Reforma Protestante a Berlín en 1539. No se conserva ninguno de los edificios monásticos, aunque algunos de ellos albergaron la primera imprenta de Berlín de 1571 y el Evangelisches Gymnasium zum Grauen Kloster de 1574. Entre los alumnos y profesores de este último se encontraban Karl Friedrich Schinkel y Friedrich Ludwig Jahn, mientras que Otto von Bismarck también visitó la iglesia. Leonhard Thurneysser dirigió la imprenta y también restauró la iglesia entre 1583 y 1584.
En la segunda mitad del siglo XVII se realizaron pequeñas modificaciones, como la demolición de la antigua torre de la escalera, la construcción de una nueva escalera de madera en el lado oeste y, en 1712, la demolición de la mampara que separaba la nave del coro. En 1712 también se produjo un incendio en el tejado de la iglesia y en 1719 se restauró la iglesia, elevando el nivel del suelo un metro y tapiando dos ventanas del coro norte.
En la primera mitad del siglo XIX se llevaron a cabo amplias reformas: en 1826 se derribó la torre a dos aguas, en 1842 se construyeron dos nuevas torres en el lado oeste, se construyó una nueva sacristía y se volvió a rebajar el suelo. Los planos de las obras fueron elaborados por Karl Friedrich Schinkel, Christian Gottlieb Cantian y el antiguo inspector de vías Berger; el segundo diseño de Berger fue el que finalmente se llevó a cabo. Las obras duraron hasta 1845, aunque la iglesia se cerró debido a una grave humedad en su mampostería en 1902 y en 1926 se revirtieron la mayoría de los cambios del siglo XIX. La iglesia se volvió a consagrar el 24 de mayo de 1936.
La iglesia fue destruida el 3 de abril de 1945 en el bombardeo de Berlín durante la Segunda Guerra Mundial. En 1950 se retiraron los escombros y se aseguraron las ruinas de la iglesia entre 1959 y 1963, aunque los edificios monásticos en ruinas se demolieron por completo para dar paso a un parque. Las ruinas se restauraron de nuevo en 2003-2004 y ahora se utilizan para exposiciones, obras de teatro y conciertos.
Referencias: Wikipedia
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