A igreja é o resultado da anexação de várias estruturas arquitectónicas: a escadaria dupla na fachada oculta a entrada da igreja subjacente da Consolação em Carbonara; o portal central conduz à Capela de Santa Mónica, o da esquerda para a entrada lateral da igreja de São João.É uma das igrejas mais ricas da cidade.A bela igreja foi construída graças a um nobre, Gualtiero Galeota, que entre os anos 1339 e 1343 doou o terreno fora das muralhas da cidade chamado 'ad carbonetum' aos Padres Agostinianos, permitindo-lhes fundar o mosteiro e a igreja (a Via Carbonara ainda é chamada assim porque na Idade Média era um local de recolha de lixo fora das muralhas da cidade).Com a chegada a Nápoles do Rei Ladislau de Durazzo, iniciou-se uma reconstrução completa da igreja, que assumiu substancialmente o seu aspecto actual, excepto por algumas modificações e adições nos séculos seguintes. A importante entrada dá uma ideia da importância da igreja: é acedida por uma escadaria monumental construída no século XVIII por Ferdinando Sanfelice, que criou um duplo lance de escadas para resolver o problema das diferenças de altura entre a rua e as várias entradas dos edifícios que formam a complexa estrutura arquitectónica.O complexo inteiro inclui dois outros edifícios de culto, que são a Igreja de Santa Mónica e a Igreja da Consolação em Carbonara; há também outra igreja nas proximidades, a Igreja da Pietatella em Carbonara. Dentro da monumental igreja de San Giovanni a Carbonara, construída sobre um plano rectangular, encontra-se o mausoléu do rei Ladislau, construído entre 1414 e 1428 e ricamente decorado com figuras alegóricas.Atrás do monumento encontra-se a Capela Caracciolo del Sole, com o monumento de Sergianni Caracciolo, o grande siniscalco e amante da Rainha Giovanna. Outras capelas, tais como as das famílias Miroballo, Somma e Caracciolo di Vico, são ricas em estátuas e importantes monumentos sepulcrais. As paredes apresentam frescos da escola de Giotto retratando cenas da vida monástica e do nascimento da Virgem. À direita do presbitério encontra-se a Capela do Caracciolo di Vico, a sacristia, o altar da Madonna delle Grazie e o monumento sepulcral de Miroballo.A igreja incluiu também dezasseis obras de Giorgio Vasari, criadas para a sacristia da igreja. As pinturas do painel foram encomendadas em 1545 pela Ordem dos Agostinianos, e realizadas por Vasari em 1546, com a colaboração de Cristofano Gherardi, um dos seus mais talentosos colaboradores. Eram 16 pinturas em painel, decorando as portas dos armários da sacristia retratando Histórias do Antigo Testamento e Episódios da Vida de João Baptista. As belas obras foram submetidas a uma restauração rigorosa e foram também expostas em Capodimonte.
