Di dalam Citadel anda juga boleh melawat Istana Harem Muhammad Ali. Muzium Istana Putera Muhammad Ali di Manial adalah salah satu muzium bersejarah yang paling indah dan penting di Mesir. Muzium ini mempamerkan tempoh penting dalam sejarah Mesir moden dan dicirikan oleh reka bentuk seni binanya. Gaya Islam modennya bergabung dengan unsur Parsi dan Mamluk. Ia juga diilhamkan oleh motif Syria, Maghribi dan Andalusia, serta gaya Uthmaniyyah. Bangunan itu selaras antara beberapa tradisi seni bina Islam.Istana Pangeran Muhammad Ali Tawfik didirikan antara 1319- 1348 H/ 1900-1929 M dan terdiri dari tembok luar yang mengelilingi pintu masuk istana. Di dalam dinding terdapat kawasan penerimaan tetamu, menara jam, Sabil, masjid, muzium perburuan, tempat tinggal, balai takhta, muzium persendirian, dan dewan emas, di samping taman yang indah di sekeliling istana.Istana Penerimaan adalah perkara pertama yang anda lihat semasa anda memasuki istana. Dewan besarnya yang dihiasi mewah dengan jubin, candelier dan siling berukir direka untuk menerima tetamu berprestij, seperti komposer Perancis terkenal Camille Saint-Saëns yang membuat konsert persendirian dan menggubah beberapa muziknya di Istana, termasuk Konsert Piano no. 5 bertajuk "The Egyptian". Dewan Penerimaan mengandungi barangan antik yang jarang ditemui, termasuk permaidani, perabot, dan meja Arab yang dihias. Dikatakan bahawa Putera mempunyai pasukan yang ditugaskan untuk mencari artifak yang jarang ditemui dan membawanya kepadanya untuk dipamerkan di istana dan muziumnya.Istana ini terdiri daripada dua tingkat. Yang pertama mengandungi bilik kehormat untuk menerima negarawan dan duta besar, dan dewan penerimaan untuk jemaah senior untuk duduk bersama Putera sebelum solat Jumaat setiap minggu, dan bahagian atas termasuk dua dewan besar, salah satunya direka dalam gaya Maghribi, di mana dindingnya ditutup dengan cermin dan jubin faience, manakala dewan yang satu lagi direka dalam gaya Levantine, di mana dindingnya ditutup dengan kayu dengan motif geometri dan bunga berwarna-warni dengan tulisan al-Quran dan bait-bait puisi.Istana Kediaman juga mengagumkan, dan salah satu bahagian paling indah di sana ialah katil yang diperbuat daripada 850 Kg perak tulen kepunyaan ibu Putera. Ini adalah istana utama dan bangunan pertama yang dibina. Ia terdiri daripada dua tingkat yang disambungkan dengan tangga. Tingkat pertama termasuk ruang legar air pancut, haramlik, bilik cermin, bilik salon biru, bilik salon kerang laut, Shekma, ruang makan, bilik perapian, dan pejabat dan perpustakaan Putera. Bilik yang paling menarik mungkin ialah Salon Biru dengan sofa kulitnya yang dipasang pada dinding yang dihiasi dengan jubin faience biru dan lukisan minyak Orientalis.Selepas itu, terdapat Istana Takhta yang cukup menakjubkan untuk dilihat. Ia terdiri daripada dua tingkat, bahagian bawah dipanggil Balai Takhta, silingnya ditutup dengan cakera matahari dengan sinar keemasan menjangkau ke empat sudut bilik. Sofa dan kerusi ditutup dengan velour, dan bilik itu dipenuhi dengan gambar besar beberapa pemerintah Mesir dari keluarga Mohamed Ali, serta lukisan landskap dari sekitar Mesir. Di sinilah Putera menerima tetamunya pada majlis-majlis tertentu, seperti hari cuti. Tingkat atas terdiri daripada dua dewan untuk musim sejuk, dan bilik jarang dipanggil Aubusson Chamber kerana semua dindingnya ditutup dengan tekstur Aubusson Perancis. Ia didedikasikan untuk koleksi Ilhami Pasha, datuk sebelah ibu Putera Mohamed Ali.Satu lagi bilik besar ialah Dewan Emas, dinamakan demikian kerana hiasan semua dinding dan silingnya adalah dalam emas, yang digunakan untuk perayaan rasmi, walaupun tidak mempunyai barangan antik. Mungkin ini dijelaskan oleh fakta bahawa dinding dan silingnya ditutup dengan ukiran motif bunga dan geometri yang disepuh. Putera Mohamed Ali sebenarnya memindahkan dewan ini dari rumah datuknya, Ilhami Pasha, yang pada asalnya membinanya untuk menerima Sultan Abdul Majid I, yang hadir untuk menghormati Ilhami Pasha sempena kemenangannya menentang Empayar Rusia dalam Perang Crimea.Masjid yang bercantum dengan Istana ini mempunyai siling yang diilhamkan oleh rococo dan mihrab (niche) yang dihiasi dengan jubin seramik biru, dan di sebelah kanan, terdapat minbar (mimbar) kecil yang dihiasi dengan perhiasan emas. Kerja seramik itu dicipta oleh ahli seramik Armenia David Ohannessian, berasal dari Kutahya. Masjid ini mempunyai dua iwan iaitu siling iwan timur berupa kubah kaca kecil berwarna kuning, manakala iwan barat dihiasi dengan hiasan pancaran matahari.Sebuah Menara Jam terletak di dalam Istana terletak di antara Dewan Penyambut Tetamu dan Masjid. Ia menyepadukan gaya menara Andalusia dan Maghribi yang digunakan untuk memerhati dan menghantar mesej melalui api pada waktu malam dan asap pada siang hari, dan melekat padanya adalah jam yang diletakkan di bahagian atas dan tangannya dalam bentuk dua ular. Bahagian bawah menara menampilkan kitab suci Al-Quran seperti banyak bahagian lain di Istana.Reka bentuk Istana mengintegrasikan Art Nouveau Eropah dan Rococo dengan gaya seni bina Islam tradisional, seperti Mamluk, Uthmaniyyah, Maghribi, Andalusia dan Parsi.Semasa era diraja, Putera Mohamed Ali mengadakan banyak parti dan mesyuarat di sana untuk pasha dan menteri, orang kenamaan, penulis, dan wartawan terkemuka negara. Putera meminta agar Istana diubah menjadi muzium selepas kematiannya.Selepas revolusi 1952 harta-harta keturunan Mohamed Ali Pasha telah dirampas, dan istana itu diubah menjadi sebuah muzium dan orang ramai akhirnya dibenarkan melihat sendiri kemegahan di mana keluarga diraja tinggal.