Jezioro Winnipeg (wraz z jeziorem Manitoba) to pozostałości prehistorycznego jeziora Agassiz z ostatniej epoki lodowcowej. To jezioro było tak ogromne, że zmieniło klimat na świecie i było większe niż pięć Wielkich Jezior razem wziętych. Zniknął około 4000 lat temu.
Jezioro Winnipeg jest duże, ale jest też stosunkowo płytkie. Jest to szóste co do wielkości jezioro słodkowodne w Kanadzie i trzecie co do wielkości, które w całości znajduje się w Kanadzie. Jest domem dla wielu wysp, z których większość pozostaje niezabudowana.
