Dvöl í höfuðborg Möltu er ekki lokið án þess að heimsækja St John's Co-Cathedral Möltu. Verkefnið var pantað árið 1572 af stórmeistara Jean de la Cassière til að þjóna sem kirkja fyrir reglu Jóhannesarriddara og hannað af maltneska arkitektinum Gerolamo Cassar. Verkinu var lokið árið 1577 og tileinkað heilögum Jóhannesi skírara, einum af tveimur verndardýrlingum reglunnar. Samdómkirkja heilags Jóhannesar í Valletta sýnir mikilvægi kristninnar fyrir Möltu. Að utan lítur þessi dómkirkja frá 16. öld kannski ekki út, en kíktu inn og þú kemur virkilega á óvart. Dómkirkjan var endurnýjuð á 17. öld og er með glæsilegum barokkinnréttingum. Fyrir utan hina ríkulegu barokklist og minjar, geymir Co-dómkirkjan einnig glæsilegar barokkfreskur, íburðarmikil marmaragólf, þrívíddar styttur, útskorna steinveggi og hrífandi hvelfd loft skreytt af hinum þekkta ítalska barokklistamanni, Mattia Preti. Samdómkirkjan er einnig heimkynni eitt af alþjóðlega viðurkennustu verkum Michelangelo Merisi da Caravaggio, þekktur sem ‘Höggvun Jóhannesar skírara’ (1608). Málverkið, sem er staðsett innan Oratory, er stærsta listaverk eftir Caravaggio og það eina sem ber undirskrift hans. Alla daga ársins leggja gestir leið sína í dómkirkjuna til að fá innsýn í hið fræga listaverk og margir munu snúa aftur til dómkirkjunnar í hvert sinn sem þeir eru á eyjunni. Dómkirkjan sjálf samanstendur af níu mælsklega skreyttum kapellum á hvorri hlið; átta voru smíðuð fyrir hverja tungu Jóhannesarriddara og sú níunda er tileinkuð verndardýrlingi þeirra, frú okkar af Philermos, hinum verndardýrlingi reglunnar. Síðasta kapellan er einnig heimili fornrar helgimyndar frú Philermos, sem riddararnir töldu vera heilagan hlut. St John's Co-Cathedral Möltu geymir einnig dularfullan crypt sem inniheldur grafhýsi fyrri stórmeistara St Johns riddara.