Kukaa katika mji mkuu wa Malta hakukamilika bila kutembelea Kanisa Kuu la St John’s Co-Cathedral Malta. Mradi huo uliagizwa mwaka wa 1572 na Mwalimu Mkuu Jean de la Cassiere kutumika kama kanisa kwa Agizo la Knights of St John, na iliyoundwa na mbunifu wa Kimalta Gerolamo Cassar. Kazi hiyo ilikamilishwa mnamo 1577 na kuwekwa wakfu kwa Mtakatifu Yohana Mbatizaji, mmoja wa watakatifu wawili walinzi wa Agizo. Kanisa kuu la St. John's Co-Cathedral huko Valletta linaonyesha umuhimu wa Ukristo kwa nchi ya Malta. Kwa nje, kanisa kuu hili la karne ya 16 linaweza lisionekane sana, lakini tazama ndani na utapata mshangao wa kweli. Kanisa kuu lilirekebishwa katika karne ya 17 na lina mapambo ya kifahari ya Baroque. Kando na sanaa na masalia yake mengi ya Baroque, Kanisa Kuu la Co pia lina picha za kuvutia za Baroque, sakafu za marumaru zilizopambwa, sanamu zenye sura tatu, kuta za mawe zilizochongwa na dari zilizoinuliwa zenye kupumua zilizopambwa na msanii mashuhuri wa Baroque wa Italia, Mattia Preti. Kanisa Kuu la Co-Cathedral pia ni nyumbani kwa mojawapo ya kazi zinazotambuliwa kimataifa na Michelangelo Merisi da Caravaggio, inayojulikana kama ‘Kukatwa Kichwa kwa Mtakatifu Yohana Mbatizaji’ (1608). Uchoraji, ulio ndani ya Oratory, ni kazi kubwa zaidi ya sanaa ya Caravaggio na ndiyo pekee iliyobeba saini yake. Kila siku ya mwaka, wageni huelekea kwenye kanisa kuu ili kupata muhtasari wa kazi ya sanaa maarufu, na wengi watarudi kwenye kanisa kuu kila wanapokuwa kwenye kisiwa hicho. Kanisa Kuu lenyewe lina makanisa tisa yaliyopambwa kwa ufasaha kila upande; nane zilijengwa kwa kila lugha za Knights of St John, na ya tisa imejitolea kwa mtakatifu wao mlinzi, Mama Yetu wa Philermos, mtakatifu mwingine mlinzi wa Agizo. Chapel ya mwisho pia ni nyumbani kwa ikoni ya zamani ya mwanamke wa Philermos, ambayo Knights waliiona kuwa kitu kitakatifu. St John ’s Co-Cathedral Malta pia ina ficha ya ajabu iliyo na makaburi ya Grand Masters of the Knights of St John.