Inaguruar në 2001 nga Kardinali Karlo Maria Martini, të cilit më pas u quajt më 2017, muzeumi është pika e arritjes së një projekti të rëndësishëm në të cilin disa nga figurat Më të mëdha të Arkipeshkopëve Milanezë të shekullit të njëzetë kanë dhënë kontributin e tyre vendimtar. Origjina e saj daton që nga intuita e Parë E Idefonso Shusterit Të Bekuar më 1931, më pas e marrë Nga Kardinali Montini në 1960 që tregon si vendi i muzeut të ri kloisterët e San'eustorgios, një nga vendet kryesore për historinë E Krishterimit Ambroz. Më së fundi, Kardinali Martini, në Të Tetëdhjetat, ju ngarkua detyra e vështirë e nisjes së punës së rindërtimit Të Kloisterëve, dëmtuar keq nga bombardimi i Luftës Së Dytë Botërore, i besuar studios Belgjoso.Kuvendi I Parë Dominikan në Milano u vendos këtu, duke filluar nga shekulli i tretë, dhe dy Kloisterët, ku ndodhet Muzeu I Bazilikës së San'eustorgios dhe Muzeumi I Dioqezanit, janë ato që mbeten në manastirin e lashtë.
Koleksioni i përhershëm i Muzeut Dioqezan, i cili zë kloister të dytë, përbëhet nga më shumë se një mijë punë midis shekujve TË II dhe XXI. Nga zyra E Kryepeshkopit erdhën koleksionet e arkipeshkopëve Milanezë (pjesë e Monti, Visconti, Rikardi, Pozobonelli dhe koleksioni i plotë Erba Odescalçi).
Përveç pikturave nga kishat e Dioqezës, muzeumi ruan një grup të rëndësishëm punësh të mobiljeve liturgjike. Koleksioni u kompletua nga seksioni kushtuar fondeve të arta (veprave të shekullit Të Katërmbëdhjetë e të pesëmbëdhjetë, më së shumti Tuskan, mbledhur nga Prof. Alberto Krespi dhe dhuruar muzeut) si dhe skulpturave dhe pikturave nga koleksioni I Katerina Marcenaro, vizatime nga koleksioni Sozani dhe trashëgimia E çmuar E Schubertit.
Më së fundi, për bërthamën e parë të veprave skulpturore të Lucio Fontana, u shtuan vepra të shumta të shekujve XX dhe XXI, një deklaratë e interesit në rritje të muzeut për bashkëkohësinë.
