Het kasteel werd gebouwd in 1603 als de Kyoto residentie van Tokugawa Ieyasu, de eerste shogun van de Edo periode (1603-1867). Zijn kleinzoon Iemitsu voltooide 23 jaar later de gebouwen van het kasteel en breidde het kasteel verder uit door een kasteel van vijf verdiepingen toe te voegen.
Na de val van het Tokugawa shogunaat in 1867 werd het kasteel van Nijo gebruikt als een keizerlijk paleis voor een tijdje voordat het werd gedoneerd aan de stad en opengesteld voor het publiek als een historische site. De Paleizen zijn waarschijnlijk de best overgebleven voorbeelden van Kasteel Paleizen architectuur uit het feodale tijdperk van Japan, en het kasteel werd in 1994 op de UNESCO Werelderfgoedlijst geplaatst.
