Pod rimsko zemljo, vzdolž Apijeve ceste, se vijejo v vrsti resnično strašljivih predorov, ki so dolgi več kot 25 km in so razporejeni na štirih ravneh ter segajo več kot 20 metrov globoko. Po izročilu se v Laziju pod zemljo raztezajo še 200 km. Katakombe so bile prostori za pokope in so postale tudi romarski kraji za prve kristjane, ki jih je preganjalo rimsko cesarstvo. To je kraj z bogato zgodovino, ki ga obdaja čarobno, edinstveno in dragoceno vzdušje. V teh katakombah so pokopali neznano število mučencev, 16 papežev in veliko navadnih ljudi. Ime so dobile po diakonu svetem Kalistu, ki ga je v začetku 3. stoletja papež Zefirin imenoval za upravitelja pokopališča in tako so katakombe svetega Kalista postale uradno pokopališče rimske cerkve.
V podzemlju sta vidni dve majhni baziliki s tremi apsidami, imenovani "Tricore". V vzhodnem sta bila verjetno pokopana papež sveti Zefirin in mladi mučenec evharistije sveti Tarcisij.
Podzemno pokopališče sestavlja več območij. Kripta papežev je najsvetejši in najpomembnejši kraj v teh katakombah, ki jih imenujejo "mali Vatikan", saj je bilo v njih pokopanih 9 papežev in verjetno 8 cerkvenih dostojanstvenikov iz 3. stoletja. Ob stenah so izvirni grški napisi petih papežev. Na štirih nagrobnikih je poleg imena papeža tudi naziv "škof", saj je papež veljal za glavo rimske Cerkve, na dveh nagrobnikih pa je tudi grška kratica za "MPT" (mučenec).
Kripta svete Cecilije, priljubljene zavetnice glasbe. Iz plemenite rimske družine je bila mučeniško umrla v tretjem stoletju. Pokopali so jo na mestu, kjer zdaj stoji njen kip, in jo tu častili vsaj pet stoletij. Leta 821 so njene relikvije prenesli v njej posvečeno baziliko v Trastevere. Kip svete Cecilije je kopija znamenitega Madernovega dela, ki je bilo izklesano leta 1599. Kripto so krasile freske in mozaiki. Na steni poleg kipa je starodavna podoba svete Cecilije v molitveni drži, spodaj v majhni niši je upodobljen Odrešenik z evangelijem v roki, poleg njega pa je slika mučenca papeža Urbana. Na eni steni strešnega okna so upodobljeni trije mučenci: Polikam, Sebastijan in Kvirin. to so najstarejša jedra (2. st.).
Skozi impozantne galerije, polne lokalov, pridemo do petih majhnih sob, pravih družinskih grobnic, imenovanih kubikule zakramentov, ki so še posebej pomembne zaradi svojih fresk. Freske izvirajo iz začetka 3. stoletja in simbolično predstavljajo zakramenta Batesima in evharistije. Tam je upodobljen tudi prerok Jona, simbol vstajenja.
