Sie schlängeln sich unter der Erde Roms, entlang der Via Appia, in einer Reihe von wirklich beängstigend aussehenden Tunneln, die sich über eine Strecke von mehr als 25 km erstrecken und auf vier Ebenen verteilt sind und eine Tiefe von mehr als 20 Metern erreichen. Der Überlieferung nach erstrecken sie sich über weitere 200 km unterirdisch in Latium. Die Katakomben waren Begräbnisstätten und wurden auch zu Pilgerstätten für die ersten Christen, die vom Römischen Reich verfolgt wurden. Es ist ein geschichtsträchtiger Ort, umgeben von einer magischen, einzigartigen und kostbaren Atmosphäre. Eine unbekannte Anzahl von Märtyrern, 16 Pontifexe und viele einfache Menschen wurden in diesen Katakomben beigesetzt. Sie sind nach dem Diakon St. Callistus benannt, der zu Beginn des 3. Jahrhunderts von Papst Zephyrinus mit der Verwaltung des Friedhofs beauftragt wurde, und so wurden die Katakomben von St. Callistus zum offiziellen Friedhof der Kirche von Rom.
Zwei kleine Basiliken mit drei Apsiden, Tricore" genannt, sind im Untergrund zu sehen. In der östlichen wurden wahrscheinlich der heilige Papst Zephyrinus und der junge Märtyrer der Eucharistie, der heilige Tarcisius, begraben.
Der unterirdische Friedhof besteht aus mehreren Bereichen. Die Krypta der Päpste ist der heiligste und wichtigste Ort in diesen Katakomben, der "kleine Vatikan" genannt wird, weil dort 9 Päpste und wahrscheinlich 8 Würdenträger der Kirche des 3. An den Wänden befinden sich die Originalinschriften von 5 Päpsten in griechischer Sprache. Auf vier Grabsteinen steht neben dem Namen des Pontifex der Titel "Bischof", da der Papst als Oberhaupt der Kirche von Rom galt, und auf zwei Grabsteinen findet sich auch die griechische Abkürzung für "MPT" (Märtyrer).
Die Krypta der Heiligen Cäcilia, der populären Schutzpatronin der Musik. Sie stammte aus einer adligen römischen Familie und wurde im dritten Jahrhundert zum Märtyrer. Sie wurde an der Stelle begraben, wo heute ihre Statue steht, und wurde hier mindestens fünf Jahrhunderte lang verehrt. Im Jahr 821 wurden ihre Reliquien in die ihr geweihte Basilika in Trastevere gebracht. Die Statue der Heiligen Cäcilia ist eine Kopie des berühmten Werks von Maderno aus dem Jahr 1599. Die Krypta war mit Fresken und Mosaiken geschmückt. An der Wand neben der Statue befindet sich ein altes Bild der heiligen Cäcilia in betender Haltung; darunter, in einer kleinen Nische, eine Darstellung des Heilands mit dem Evangelium in der Hand; daneben ein Gemälde des Märtyrerpapstes St. Urban. An einer Wand des Oberlichts sind die Figuren der drei Märtyrer Polykamus, Sebastian und Quirinus zu sehen. Es handelt sich um die ältesten Kerne (2. Jahrhundert).
Über imposante Galerien voller Loculi gelangt man zu fünf kleinen Räumen, echten Familiengräbern, die Cubiculae der Sakramente genannt werden und wegen ihrer Fresken besonders wichtig sind. Die Fresken stammen aus dem frühen 3. Jahrhundert und stellen symbolisch die Sakramente des Batesim und der Eucharistie dar. Auch der Prophet Jona, Symbol der Auferstehung, ist dort abgebildet.