Vine se pod zemí Říma podél Appiánské cesty v řadě skutečně děsivě vypadajících tunelů, které jsou dlouhé více než 25 km, rozmístěné ve čtyřech úrovních a dosahují hloubky více než 20 metrů. Podle tradice se v Laziu táhnou dalších 200 km pod zemí. Katakomby byly místem pohřbívání a staly se také poutním místem prvních křesťanů pronásledovaných Římskou říší. Je to místo s bohatou historií, obklopené kouzelnou, jedinečnou a vzácnou atmosférou. V těchto katakombách bylo pohřbeno neznámé množství mučedníků, 16 papežů a mnoho obyčejných lidí. Jejich název je odvozen od jáhna svatého Kalista, který byl na počátku 3. století papežem Zefyrinem pověřen správou hřbitova, a tak se katakomby svatého Kalista staly oficiálním hřbitovem římské církve.
V podzemí jsou vidět dvě malé baziliky se třemi apsidami, zvané "Tricore". Ve východním byl pravděpodobně pohřben papež svatý Zefyrinus a mladý mučedník eucharistie svatý Tarcisius.
Podzemní hřbitov se skládá z několika částí. Krypta papežů je nejposvátnějším a nejdůležitějším místem v těchto katakombách, kterému se říká "malý Vatikán", protože zde bylo pohřbeno 9 papežů a pravděpodobně 8 církevních hodnostářů 3. století. Podél stěn jsou původní nápisy pěti papežů v řečtině. Na čtyřech náhrobcích je vedle jména papeže uveden titul "biskup", protože papež byl považován za hlavu římské církve, a na dvou náhrobcích je také řecká zkratka "MPT" (mučedník).
Krypta svaté Cecílie, oblíbené patronky hudby. Pocházela ze vznešené římské rodiny a ve třetím století byla umučena. Byla pohřbena na místě, kde dnes stojí její socha, a byla zde uctívána nejméně pět století. V roce 821 byly její ostatky přeneseny do baziliky v Trastevere, která je jí zasvěcena. Socha svaté Cecílie je kopií slavného Madernova díla z roku 1599. Krypta byla vyzdobena freskami a mozaikami. Na stěně vedle sochy je starobylý obraz svaté Cecílie v modlitebním postoji, pod ním je v malém výklenku vyobrazen Spasitel s evangeliem, vedle něj je obraz mučedníka papeže Urbana. Na jedné stěně světlíku jsou postavy tří mučedníků: Polykama, Šebestiána a Kvirina. jedná se o nejstarší jádra (2. stol.).
Když projdeme impozantními galeriemi plnými lokálů, dostaneme se do pěti malých místností, skutečných rodinných hrobek, zvaných cubiculae svátostí, které jsou obzvláště důležité pro své fresky. Fresky pocházejí z počátku 3. století a symbolicky znázorňují svátosti Batesima a eucharistie. Je zde také zobrazen prorok Jonáš, symbol vzkříšení.