Vinie sa pod rímskou pôdou pozdĺž Appiovej cesty v sérii skutočne desivo vyzerajúcich tunelov v dĺžke viac ako 25 km, ktoré sú rozmiestnené na štyroch úrovniach a dosahujú hĺbku viac ako 20 metrov. Podľa tradície sa v Laziu tiahnu ešte 200 km pod zemou. Katakomby boli miestom pochovávania a zároveň sa stali pútnickým miestom pre prvých kresťanov prenasledovaných Rímskou ríšou. Je to miesto s bohatou históriou, obklopené čarovnou, jedinečnou a vzácnou atmosférou. V týchto katakombách bolo pochovaných neznámy počet mučeníkov, 16 pápežov a mnoho obyčajných ľudí. Ich názov je odvodený od diakona svätého Kalista, ktorého na začiatku 3. storočia pápež Zefyrinus poveril správou cintorína, a tak sa katakomby svätého Kalista stali oficiálnym cintorínom rímskej cirkvi.
V podzemí sú viditeľné dve malé baziliky s tromi apsidami, nazývané "Tricore". Vo východnom boli pravdepodobne pochovaní pápež svätý Zefirín a mladý mučeník Eucharistie svätý Tarcisius.
Podzemný cintorín sa skladá z niekoľkých častí. Krypta pápežov je najposvätnejším a najvýznamnejším miestom v týchto katakombách, ktoré sa nazýva "malý Vatikán", pretože tu bolo pochovaných 9 pápežov a pravdepodobne 8 cirkevných hodnostárov z 3. storočia. Pozdĺž stien sú pôvodné nápisy 5 pápežov v gréčtine. Na štyroch náhrobkoch je vedľa mena pápeža titul "biskup", pretože pápež bol považovaný za hlavu rímskej cirkvi, a na dvoch náhrobkoch je aj grécka skratka "MPT" (mučeník).
Krypta svätej Cecílie, obľúbenej patrónky hudby. Pochádzala zo vznešenej rímskej rodiny a v treťom storočí bola umučená. Bola pochovaná na mieste, kde dnes stojí jej socha, a uctievaná tu bola najmenej päť storočí. V roku 821 boli jej relikvie prenesené do baziliky zasvätenej jej v Trastevere. Socha svätej Cecílie je kópiou slávneho Madernovho diela z roku 1599. Krypta bola vyzdobená freskami a mozaikami. Na stene vedľa sochy je starobylý obraz svätej Cecílie v modlitebnom postoji; pod ním je v malom výklenku zobrazený Spasiteľ s evanjeliom v ruke; vedľa je obraz mučeníka pápeža svätého Urbana. Na jednej stene svetlíka sú postavy troch mučeníkov: Polykama, Sebastiána a Kvirína. ide o najstaršie jadrá (2. stor.).
Keď prejdeme impozantnými galériami plnými lokálov, dostaneme sa do piatich malých miestností, skutočných rodinných hrobiek, nazývaných kubikuly sviatostí, ktoré sú obzvlášť dôležité pre svoje fresky. Fresky pochádzajú zo začiatku 3. storočia a symbolicky znázorňujú sviatosti Batesima a Eucharistie. Je tu zobrazený aj prorok Jonáš, symbol vzkriesenia.
