Pierwsza wzmianka o katedrze św. Marcina w Eisenstadt pochodzi z 1264 roku. Z kaplicy tej zachowały się pozostałości romańskiego fundamentu na terenie obecnego chóru. W XIII wieku kaplica została rozbudowana o wczesnogotycki chór. W XIV wieku dobudowano kaplicę dla osób świeckich. W 1460 roku kościół został odbudowany przez kapitana miasta Johanna Siebenhirtera jako kościół ufortyfikowany lub obronny, ponieważ spodziewano się ataku Turków po upadku Konstantynopola w 1453 roku. Gotycka budowla została ukończona w 1522 roku. Po wielkim pożarze z 1589 roku, w latach 1610-1629, upłynęło prawie 30 lat, zanim przystąpiono do budowy poważnie uszkodzonego kościoła.
W 1777 dodano duży ołtarz autorstwa Stefana Dorffmeistera, przedstawiający "Przemienienie św. Marcina". W następnym roku Wiedeński organmistrz Malleck zainstalował organy na polecenie Josepha Haydna.
Po utworzeniu diecezji Eisenstadt Kościół św. Marcina został podniesiony do rangi katedry w 1960 roku. Święty Marcin został patronem diecezji i ziemi. W 1960 r. za rządów biskupa Stefana László odnowiono wnętrze i okna.
Katedra słynie z muzyki kościelnej. Odbywają się tu również koncerty corocznego festiwalu Haydna. W latach 2002/2003 katedra została ponownie wyremontowana, odnowiono wnętrze. Nowoczesne meble zostały zaprojektowane przez artystkę Brigitte Kowanz.
