Katedral St. Martin di Eisenstadt pertama kali disebut 1264. Dari gereja ini masih terdapat asas asas Romanesque di kawasan koir sekarang. Pada abad ke-13 Kapel dilanjutkan dengan penambahan koir Gothic awal. Pada abad ke-14 sebuah gereja untuk orang awam telah ditambah. Pada tahun 1460 gereja itu dibina semula di bawah kapten Kota Johann Siebenhirter sebagai gereja yang diperkaya atau bertahan, kerana serangan oleh orang Turki diharapkan setelah kejatuhan Konstantinopel pada tahun 1453. Bangunan Gothic telah siap pada tahun 1522. Selepas api besar tahun 1589 hampir 30 tahun berlalu sebelum pembinaan gereja yang rosak teruk berlaku, antara tahun 1610 dan 1629.
Pada tahun 1777 sebuah altarpiece besar oleh Stefan Dorffmeister ditambahkan, yang menggambarkan 'Transfigurasi St. Martin'. Pada tahun berikutnya Pembina organ Vienna Malleck memasang organ untuk arahan dari Joseph Haydn.
Selepas penciptaan Keuskupan Eisenstadt, Gereja St. Martin dinaikkan ke pangkat katedral pada tahun 1960. Saint Martin menjadi santo penaung keuskupan dan tanah. Di bawah Bishop Stephan L Logsszl pada tahun 1960, bahagian dalam dan tingkap diperbaharui.
Katedral ini terkenal dengan muzik gerejanya. Konsert Festival Haydn tahunan juga berlaku di sini. Pada tahun 2002/2003 katedral diubahsuai lagi, bahagian dalamnya diperbaharui. Perabot moden direka oleh artis Brigitte Kowanz.
