Pobyt v hlavnom meste Malty nie je úplný bez návštevy katedrály svätého Jána na Malte. Projekt dal v roku 1572 vypracovať veľmajster Jean de la Cassiere, aby slúžila ako kostol pre Rád rytierov svätého Jána, a navrhol ju maltský architekt Gerolamo Cassar. Dielo bolo dokončené v roku 1577 a zasvätené svätému Jánovi Krstiteľovi, jednému z dvoch patrónov rádu. Jána’Co-Cathedral vo Vallette prezentujú význam kresťanstva pre krajinu Malta. Zvonku táto katedrála zo 16. storočia možno nevyzerá ako niečo veľké, ale nahliadnite dovnútra a čaká vás skutočné prekvapenie. Katedrála bola v 17. storočí zrekonštruovaná a má bohatú barokovú výzdobu. Okrem bohatého barokového umenia a pamiatok sa v katedrále Co nachádzajú aj pôsobivé barokové fresky, zdobené mramorové podlahy, trojrozmerné sochy, vyrezávané kamenné steny a dych vyrážajúce klenuté stropy, ktoré vyzdobil známy taliansky barokový umelec Mattia Preti. V katedrále Co sa nachádza aj jedno z medzinárodne najuznávanejších diel Michelangela Merisiho da Caravaggio, známe ako ‘Stínanie hlavy svätého Jána Krstiteľa’ (1608). Obraz, ktorý sa nachádza v oratóriu, je najväčším Caravaggiovým umeleckým dielom a jediným, ktoré nesie jeho podpis. Každý deň v roku sa návštevníci vydávajú do katedrály, aby si pozreli slávne umelecké dielo, a mnohí z nich sa do katedrály vracajú pri každom’pobyte na ostrove. Samotná katedrála pozostáva z deviatich výpravne zdobených kaplniek po oboch stranách; osem bolo postavených pre každý z jazykov rytierov svätého Jána a deviata je zasvätená ich patrónke, Panne Márii Filermosovej, ďalšej patrónke rádu. V poslednej kaplnke sa nachádza aj starobylá ikona pani z Philermosu, ktorú rytieri považovali za posvätný predmet. V maltskej katedrále svätého Jána’sa nachádza aj tajomná krypta, v ktorej sú hroby bývalých veľmajstrov rytierov svätého Jána.