Katedrála svatého Martina v Eisenstadtu je poprvé zmíněna v roce 1264. Z této kaple jsou dodnes pozůstatky románského základu v prostoru dnešního chóru. Ve 13. století byla kaple rozšířena o raně gotický chór. Ve 14. století byla přistavěna kaple pro laiky. V roce 1460 byl kostel přestavěn za městského kapitána Johanna Siebenhirtera jako opevněný nebo obranný kostel, protože útok Turků se očekával po pádu Konstantinopole v roce 1453. Gotická stavba byla dokončena v roce 1522. Po velkém požáru v roce 1589 uplynulo téměř 30 let, než došlo k výstavbě těžce poškozeného kostela, mezi lety 1610 a 1629.
V roce 1777 byl přidán Velký oltářní obraz Stefana Dorffmeistera, zobrazující "přeměnu svatého Martina". V následujícím roce instaloval Vídeňský varhanář Malleck varhany podle pokynů Josepha Haydna.
Po vytvoření diecéze Eisenstadt byl kostel svatého Martina v roce 1960 povýšen do hodnosti katedrály. Svatý Martin se stal patronem diecéze a země. Za biskupa Štěpána Lászlóa v roce 1960 byl obnoven interiér a okna.
Katedrála je známá svou církevní hudbou. Konají se zde také koncerty každoročního Haydnova festivalu. V letech 2002/2003 byla katedrála znovu zrekonstruována, interiér byl zrekonstruován. Moderní nábytek navrhl umělec Brigitte Kowanz.
