Martina v Eisenstadtu je bila prvič omenjena leta 1264. Iz te kapele so še vedno ostanki romanskega temelja na območju sedanjega Kora. V 13. stoletju je bila kapela razširjena z dodatkom zgodnjega gotskega Kora. V 14. stoletju je bila dodana kapela za laike. Leta 1460 je bila cerkev obnovljena pod mestnim kapitanom Johannom Siebenhirterjem kot utrjena ali obrambna cerkev, saj je bil napad Turkov pričakovan po padcu Konstantinopla leta 1453. Gotska stavba je bila končana leta 1522. Po velikem požaru leta 1589 je minilo skoraj 30 let pred gradnjo močno poškodovane cerkve med letoma 1610 in 1629.
Leta 1777 je bila dodana velika oltarna slika Stefana Dorffmeistra, ki prikazuje preobrazbo svetega Martina. V naslednjem letu je dunajski graditelj orgel Malleck namestil orgle po navodilih Josepha Hajdna.
Po ustanovitvi škofije Eisenstadt je bila cerkev svetega Martina leta 1960 povzdignjena v čin katedrale. Sveti Martin je postal zavetnik škofije in dežele. Leta 1960 je škof Stephan L.
Katedrala je znana po cerkveni glasbi. Tu potekajo tudi koncerti letnega festivala Hajdn. V letih 2002/2003 je bila katedrala ponovno obnovljena, notranjost prenovljena. Sodobno opremo je oblikovala umetnica Brigitte Kovanz.
