De kerk is het resultaat van de annexatie van verschillende architectonische structuren: de dubbele trap op de gevel verbergt de ingang van de onderliggende kerk van de Troost in Carbonara; het centrale portaal leidt naar de kapel van St. Monica, het portaal links naar de zij-ingang van de kerk van St.Het is een van de rijkste kerken van de stad.De prachtige kerk werd gebouwd dankzij een edelman, Gualtiero Galeota, die tussen de jaren 1339 en 1343 het land buiten de stadsmuren, genaamd 'ad carbonetum', schonk aan de paters Augustijnen, waardoor zij het klooster en de kerk konden stichten (Via Carbonara heet nog steeds zo omdat het in de middeleeuwen een plek was voor het verzamelen van afval buiten de stadsmuren).Met de komst van koning Ladislaus van Durazzo naar Napels begon een volledige herbouw van de kerk, die in grote lijnen zijn huidige uiterlijk kreeg, afgezien van enkele wijzigingen en toevoegingen in de volgende eeuwen. De belangrijke ingang geeft een idee van het belang van de kerk: deze is toegankelijk via een monumentale trap die in de 18e eeuw werd gebouwd door Ferdinando Sanfelice, die een dubbele trap creëerde om het probleem op te lossen van de hoogteverschillen tussen de straat en de verschillende ingangen van de gebouwen die de complexe architectonische structuur vormen.Het hele complex omvat nog twee andere godshuizen, namelijk de kerk van Santa Monica en de kerk van de Troost in Carbonara; daarnaast is er nog een kerk in de buurt, de kerk van de Pietatella in Carbonara. In de monumentale kerk van San Giovanni a Carbonara, gebouwd op een rechthoekig plan, staat het mausoleum van koning Ladislaus, gebouwd tussen 1414 en 1428 en rijkelijk versierd met allegorische figuren.Achter het monument bevindt zich de kapel Caracciolo del Sole, met het monument van Sergianni Caracciolo, de grote siniscalco en minnaar van koningin Giovanna. Andere kapellen, zoals die van de families Miroballo, Somma en Caracciolo di Vico, zijn rijk aan beelden en belangrijke grafmonumenten. De muren zijn voorzien van fresco's uit de school van Giotto met scènes uit het kloosterleven en de geboorte van de Maagd. Rechts van het presbyterium bevinden zich de Caracciolo di Vico kapel, de sacristie, het altaar van de Madonna delle Grazie en het grafmonument van Miroballo.In de kerk bevinden zich ook zestien werken van Giorgio Vasari, gemaakt voor de sacristie van de kerk. De paneelschilderingen werden in 1545 besteld door de orde van de Augustijnen en in 1546 door Vasari gerealiseerd, met medewerking van Cristofano Gherardi, een van zijn meest getalenteerde medewerkers. Het waren 16 schilderijen op paneel, die de deuren van de sacristiekasten versierden en verhalen uit het Oude Testament en episodes uit het leven van Johannes de Doper voorstelden. De prachtige werken ondergingen een rigoureuze restauratie en werden ook tentoongesteld in Capodimonte.