Een andere stop om te doen, ook in het centrale deel van de stad, is de Kerk van San Giovanni a Mare, ook bekend als de Kerk van San Giuseppe. Het is een authentiek juweel verborgen in het hart van Gaeta. Gebouwd op een oude heilige plaats voor christenen vernietigd door de aardbeving van 1213, werd de kerk gebouwd met behulp van een aantal decoratieve elementen, zoals kolommen, allemaal ongelijk tussen hen, en tussen de vijftiende en zeventiende eeuw, werd het verrijkt met fresco ' s en barokke decoraties verwijderd na de restauratie van 1928.De plaats van aanbidding bestaat uit 3 beuken ondersteund door steen, aan de Romeinse en middeleeuwse tijden. De kerk, in Byzantijnse stijl met een Latijns kruis, heeft in het centrum een koepel versierd van de buitenkant met Arabesk motieven die dateren uit de XI eeuw. Het altaar wordt aanzienlijk verhoogd boven de vloer van de vergadering en de vloer is in het bijzonder geneigd om een groter perspectief aan de plaats van aanbidding te verzekeren: om deze reden, is het opvallend om de folkloristische traditie te herinneren die het zeewater in de kerk zag binnengaan en dankzij de hellende vloer gemakkelijk defluirne: het is noodzakelijk om te overwegen, echter, dat tegen de zestiende eeuw een paar voeten voor de gevel van de kerk de wallen runden die het hele dorp omringden.
De restauratie van 1928, bevorderd door de Minister Pietro Fedele en plaats onder de leiding van Gino geestelijken, leidde tot de verwijdering van het meubilair terug naar de Middeleeuwen; brengen aan het licht van de overblijfselen van fresco ' s van de vroege jaren van XIVe eeuw, toegeschreven aan de school van paarden (schilderijen, gedeeltelijk, los en nu tentoongesteld in het Museo Diocesano, de visitatie, St.Agatha, Maagd en kind enthroned en S. Lorenzo). In de barokke tijd in de kerk waren er verschillende altaren, meestal in stucwerk, gewijd aan S. Sebastiano en S. Rocco, SS. Cosma en Damiano, SS. Rosario, S. Gaetano, S. Giuseppe. Dit laatste altaar was beschermheer van de Broederschap van timmerlieden (1628) vandaar de tweede naam van de kerk. Aan het begin van de achttiende eeuw de gevel kreeg zijn huidige verschijning, met eenvoudige kant voluten en een klokkentoren. Aan het einde van de negentiende eeuw werd de kerk uitgerust met een klein Napolitaans schoolorgel, dat in situ bleef tot ten minste de jaren zestig van de vorige eeuw.
Tijdens de restauraties van 1928 werd het hoofdaltaar overgebracht naar de Kerk van S. Maria della Catena en vervangen door de huidige, gemaakt door een plaat van Romeinse sarcofaag met hippogriphs te hergebruiken reeds in de vijftiende eeuw. Ook tijdens de werken werden enkele middeleeuwse decoratieve fragmenten gevonden en een cinerary urn, vandaag ommuurd in de zijmuren. Sporen van de originele marmeren vloer van de kerk blijven in een van de trappen voor het altaar.