Die Kirche ist das Ergebnis der Angliederung mehrerer architektonischer Strukturen: die doppelte Treppe an der Fassade verbirgt den Eingang zur darunter liegenden Kirche des Trostes in Carbonara; das mittlere Portal führt zur Kapelle der Heiligen Monika, das linke zum Seiteneingang der Kirche des Heiligen Johannes. Sie ist eine der reichsten Kirchen der Stadt. Die schöne Kirche wurde dank eines Adligen, Gualtiero Galeota, erbaut, der zwischen 1339 und 1343 den Augustiner-Patres das Land außerhalb der Stadtmauern, das "ad carbonetum" genannt wurde, schenkte und ihnen so die Gründung des Klosters und der Kirche ermöglichte (die Via Carbonara heißt noch heute so, weil sie im Mittelalter als Müllsammelplatz außerhalb der Stadtmauern diente).
Mit der Ankunft von König Ladislaus von Durazzo in Neapel begann ein vollständiger Wiederaufbau der Kirche, die abgesehen von einigen Änderungen und Ergänzungen in den folgenden Jahrhunderten im Wesentlichen ihr heutiges Aussehen erhielt. Der wichtige Eingang lässt die Bedeutung der Kirche erahnen: Der Zugang erfolgt über eine monumentale Treppe, die im 18. Jahrhundert von Ferdinando Sanfelice erbaut wurde, der eine doppelte Treppe schuf, um das Problem der Höhenunterschiede zwischen der Straße und den verschiedenen Eingängen zu den Gebäuden zu lösen, die die komplexe architektonische Struktur bilden.
Zum Gesamtkomplex gehören zwei weitere Gotteshäuser, die Kirche Santa Monica und die Kirche des Trostes in Carbonara; in der Nähe befindet sich eine weitere Kirche, die Kirche der Pietatella in Carbonara. In der monumentalen Kirche San Giovanni a Carbonara, die auf einem rechteckigen Grundriss errichtet wurde, steht das Mausoleum von König Ladislaus, das zwischen 1414 und 1428 erbaut wurde und reich mit allegorischen Figuren verziert ist. Hinter dem Denkmal befindet sich die Kapelle Caracciolo del Sole mit dem Denkmal von Sergianni Caracciolo, dem großen Siniscalco und Geliebten der Königin Giovanna. Andere Kapellen, wie die der Familien Miroballo, Somma und Caracciolo di Vico, sind reich an Statuen und bedeutenden Grabdenkmälern. An den Wänden sind Fresken aus der Schule Giottos zu sehen, die Szenen aus dem klösterlichen Leben und die Geburt der Jungfrau Maria darstellen. Auf der rechten Seite des Presbyteriums befinden sich die Kapelle Caracciolo di Vico, die Sakristei, der Altar der Madonna delle Grazie und das Grabdenkmal von Miroballo. Die Kirche enthielt auch sechzehn Werke von Giorgio Vasari, die für die Sakristei der Kirche geschaffen wurden. Die Tafelbilder wurden 1545 vom Orden der Augustiner in Auftrag gegeben und 1546 von Vasari unter Mitwirkung von Cristofano Gherardi, einem seiner talentiertesten Mitarbeiter, realisiert. Es handelte sich um 16 Tafelbilder, die die Türen der Sakristeischränke schmückten und Geschichten aus dem Alten Testament und Episoden aus dem Leben Johannes des Täufers darstellten. Die schönen Werke wurden einer gründlichen Restaurierung unterzogen und auch in Capodimonte ausgestellt.