Ein weiterer Halt, ebenfalls im Zentrum der Stadt, ist die Kirche San Giovanni a Mare, auch bekannt als Kirche San Giuseppe. Dies ist ein echtes Juwel, das im Herzen von Gaeta versteckt ist. Die Kirche, die auf einer alten christlichen Stätte errichtet wurde, die durch das Erdbeben von 1213 zerstört worden war, wurde mit nackten Elementen wie den ungleichen Säulen gebaut, während sie zwischen dem 15. und 17. Jahrhundert mit Fresken und Barockdekorationen bereichert wurde, die nach der Restaurierung von 1928 entfernt wurden. Das Gotteshaus besteht aus drei Schiffen, die von römischem und mittelalterlichem Steinmaterial getragen werden. Die Kirche im byzantinischen Stil mit dem Grundriss eines lateinischen Kreuzes hat in der Mitte eine Kuppel, die von außen mit Arabeskenmotiven aus dem 11. Der Altar ist deutlich höher als der Boden der Versammlung und der Boden ist besonders schräg, um eine bessere Sicht auf den Ort der Anbetung zu gewährleisten: Aus diesem Grund ist es suggestiv, an die volkstümliche Tradition zu erinnern, dass das Meerwasser in die Kirche eindrang und dank des schrägen Bodens leicht abfließen konnte: Man muss jedoch bedenken, dass seit dem 16.
Bei den Restaurierungsarbeiten im Jahr 1928, die von Minister Pietro Fedele gefördert und unter der Leitung von Gino Chierici durchgeführt wurden, wurden die nachmittelalterlichen Einrichtungsgegenstände entfernt und die Überreste der Fresken aus dem frühen 14. Jahrhundert freigelegt, die der Schule von Cavallini zugeschrieben werden (einige der Gemälde wurden abgenommen und sind heute im Diözesanmuseum ausgestellt: "Heimsuchung", "St. Agatha", "Thronende Madonna mit Kind" und "St. Lorenz"). In der Barockzeit gab es in der Kirche mehrere Altäre, zumeist aus Stuck, die den Heiligen Sebastian und Rochus, Cosmas und Damian, Rosenkranz, Gaetano und Joseph gewidmet waren. Der letztgenannte Altar stand unter dem Patronat der Bruderschaft der Zimmerleute (1628), daher der zweite Name der Kirche. Zu Beginn des 18. Jahrhunderts erhielt die Fassade ihr heutiges Aussehen, mit einfachen seitlichen Voluten und einem Glockengiebel. Ende des 19. Jahrhunderts wurde die Kirche mit einer kleinen Orgel der neapolitanischen Schule ausgestattet, die mindestens bis in die 1960er Jahre in der Kirche verblieb.
Während der Restaurierungsarbeiten im Jahr 1928 wurde der Hochaltar in die Kirche S. Maria della Catena gebracht und durch den heutigen ersetzt, der aus der Platte eines römischen Sarkophags mit Hippogriffen gefertigt wurde, die bereits im 15. Bei den Bauarbeiten wurden mehrere mittelalterliche Schmuckfragmente und eine Aschenurne gefunden, die nun in die Seitenwände eingemauert sind. In einer der Stufen vor dem Altar sind noch Spuren des ursprünglichen Marmorfußbodens der Kirche zu erkennen.