Kirken er resultatet af en sammenlægning af flere arkitektoniske strukturer: den dobbelte trappe på facaden skjuler indgangen til den underliggende kirke for Consolation i Carbonara; den centrale portal fører til kapellet for S. Monica, den til venstre til sideindgangen til kirken for S. John.Det er en af de rigeste kirker i byen.Den smukke kirke blev bygget takket være en adelsmand, Gualtiero Galeota, som mellem 1339 og 1343 donerede jorden uden for bymuren kaldet "ad carbonetum" til Augustinerfædrene, så de kunne grundlægge klosteret og kirken (Via Carbonara hedder stadig sådan, fordi det i middelalderen var et sted til indsamling af affald uden for bymuren).Med kong Ladislaus af Durazzo's ankomst til Napoli begyndte man en fuldstændig ombygning af kirken, som i det store og hele fik sit nuværende udseende bortset fra nogle ændringer og tilføjelser i de følgende århundreder. Den vigtige indgang giver et indtryk af kirkens betydning: man kommer ind til den via en monumental trappe, der blev bygget i det 18. århundrede af Ferdinando Sanfelice, som skabte en dobbelt trappe for at løse problemet med højdeforskelle mellem gaden og de forskellige indgange til de bygninger, der udgør den komplekse arkitektoniske struktur.Hele komplekset omfatter to andre kirkebygninger, nemlig Santa Monica-kirken og Consolation-kirken i Carbonara; der findes også en anden kirke i nærheden, Pietatella-kirken i Carbonara. Inde i den monumentale kirke San Giovanni a Carbonara, der er bygget på et rektangulært plan, står kong Ladislaus' mausoleum, der blev bygget mellem 1414 og 1428 og er rigt udsmykket med allegoriske figurer.Bag monumentet ligger Caracciolo del Sole-kapellet med monumentet over Sergianni Caracciolo, den store siniscalco og elsker af dronning Giovanna. Andre kapeller, såsom Miroballo, Somma og Caracciolo di Vico familiernes kapeller, er rige på statuer og vigtige gravmonumenter. På væggene er der fresker fra Giottos skole, som viser scener fra klosterlivet og jomfruens fødsel. Til højre for præsteværelset ligger Caracciolo di Vico-kapellet, sakristiet, alteret for Madonna delle Grazie og Miroballo gravmonumentet.Kirken omfattede også seksten værker af Giorgio Vasari, som blev skabt til kirkens sakristi. Panelmalerierne blev bestilt i 1545 af Augustinerordenen og udført af Vasari i 1546 i samarbejde med Cristofano Gherardi, en af hans mest talentfulde medarbejdere, og de blev udført af Vasari i 1546. Der var tale om 16 malerier på panel, som udsmykkede dørene til sakristiets skabe og forestillede historier fra Det Gamle Testamente og episoder fra Johannes Døberens liv. De smukke værker gennemgik en grundig restaurering og blev også udstillet på Capodimonte.
