Den smukke kirke Panagia (Jomfru Maria) Paraportiani er en af de mest fotograferede kirker, ikke kun på Mykonos, men i hele verden. Den ligger ved indgangen til Kastro-kvarteret, lige ved havet. Kirkens navn (Paraportiani) betyder "stående ved siden af indgangsdøren", da kirken lå ved siden af slottets dør. Kirken har en unik konstruktion, der gør den til en af de mest interessante kirker i Grækenland, og det mest unikke ved denne kirke er, at den faktisk består af fem små kirker, der blev bygget ovenpå eller ved siden af hinanden. Agios Efstathios-kirken er centrum af dette kompleks, som er omgivet af kirkerne Agios Anargyros, Agios Sozon og Agia Anastasia. Oven på disse fire kirker ligger Panagia-kirken, som ligner en kuppel. De fem kirker blev ikke bygget på én gang, men gradvist over århundreder. Den ældste kirke er Agios Anargyros, som blev bygget i slutningen af det 14. århundrede. De andre kirker blev bygget i det 16. og 17. århundrede, mens der blev foretaget renoveringer indtil 1920.
